由于黎元洪众所周知的反对帝制的鲜明态度，蔡锷逃出北京前特地秘密拜访黎元洪，并请黎元洪静侯佳音。当蔡锷在昆明打响了反对袁皇帝第一枪后，黎元洪击节赞道:“松坡(蔡锷的字)不愧英雄本色！”

现在轮到自己担任大总统，黎元洪一点也不买北洋将领“拥戴”的帐，他在就职仪式上非常明白地说，他是根据民元约法(即《中华民国临时约法》)继任总统的；也就是说，对袁世凯的什么《约法》，什么“金匮石屋”，什么北洋系的“拥戴”，统统不领情。

然而黎元洪自知段祺瑞等重兵在握，他迫切需要增强自己的筹码，因此一上任就要求重开国会；而段祺瑞说国会一开，政府行权就受到很多牵制，意在拖延。是否重开国会，是总统府和国务院的第一次争执。

在南方各省的坚决要求下，段祺瑞无奈让步。1916年6月29日，黎元洪下令重开国会；接着，国会召开，选举冯国璋为副总统。

国会重建增大了黎元洪的力量。段祺瑞对此自然十分不爽，对黎元洪摆出在他之上的大总统架势，段祺瑞非常恼火，说:“我是要他来签字盖章的，不是请他来压在我头上的！”黎元洪当然也不敢过火，只说:“总统是婆婆，不是媳妇；婆婆可以少管事，但不耐媳妇命令一切。”

“府院之争”一步步升级。段祺瑞准备安排他的亲信门生徐树铮为国务院秘书长，徐树铮为人也是跋扈独尊，极像他的老师段祺瑞。黎元洪对这一任命一口否定，说:“告诉总理，一万件事我都可以答应，惟这件事不行！”他坚决拒绝为这一任命文件盖章。后在徐世昌的调和下，黎元洪终于同意盖章；段祺瑞也答应了黎元洪一个要求:凡重大事项，要报总统。

段祺瑞瞧不起黎元洪，从不以“下级”、也就是总理身份去总统府，现在徐树铮任国务院秘书长，就把所有往来事务都交给了徐树铮办。徐树铮有时拿文件给黎元洪用印，黎元洪就文件事项问几句，徐树铮就不耐烦地说:“叫你盖章，你盖就是，问那么多干什么？我忙得很，哪有那么多时间！”气得黎元洪半死。

接下来，徐树铮和内务总长、国民党人孙洪伊大干一场。在国务会议上，孙洪伊指责徐树铮的手伸得太长，什么都管；徐树铮却说难道你孙总长做的事别人就不能问吗？孙洪伊按捺不住，挖苦道:“阁下的大才，我很佩服，只可惜总理没有提拔你当国务员，这是国务会议，阁下只有当上国务员才有资格发言呢！”

两人各找后台老板泄愤。段祺瑞说:“孙总长也太不象话了。”黎元洪则说:“徐秘书长未免欺人太甚。”

10月18日，徐树铮拿着将孙洪伊免职的文件去见黎元洪，要求黎元洪盖章。黎元洪吃惊不小，予以一口拒绝；徐树铮连去四次，黎元洪连拒绝四次。最后一次，徐树铮粗鲁地说:“总统不盖印，就只能不准伯兰(孙洪伊的字)出席国务会议啦！”黎元洪忍不住大怒:“你说的这是什么话？”徐树铮傲慢地说:“这是总理说的话！”