《新学伪经考》只是康有为维新理论基础的基础之一，在此基础上，他又进一步发挥今文学的传统，写成以《礼运注》、《春秋董氏学》和《孔子改制考》为代表一系列著作，利用公羊学的“通三统”“张三世”的观点，提出系统的历史进化观念，构造了一个“托古改制”的理论体系。

在《孔子改制考》中康有为指出:孔子之前的历史完全是孔子为了救世改制而虚构出来的，中国的历史要到秦汉之后才可考信。“由于书缺籍去，混混茫茫”，所以周秦诸子百家纷纷出来创立各自的教义，用自己心目中的理想社会制度来劝导当时的统治阶层，并假托这些制度是古代曾经实施过的。而孔子创立儒教，提出一套他自己创造的尧、舜、禹、汤、文、武的政教礼法，编撰六经作为“托古改制”的根据。经过与诸子百家之间的争论，逐渐取得了优势。因为儒教教义最完善，制度最完备，徒众最多，所以在汉武帝时取得一统的地位，孔子也就成为“万世教主”。[19]

梁启超以“孔教之马丁路德”来描述康有为，“吾中国非宗教之国，故数千年来，无一宗教家。先生幼受孔学，及屏居西樵，潜心佛藏，大澈大悟。出游后，又读耶氏之书，故宗教思想特盛，常毅然以绍述诸圣、普渡众生为己任。先生之言宗教也，主信仰自由，不专崇一家，排斥外道，常持三圣一体、诸教平等之论。然以为生于中国，当先救中国，欲救中国，不可不因中国人之历史习惯而利导之。又以为中国人公德缺乏，团体散涣，将不可以立于大地，欲从而统一之，非择一举国人多同戴而诚服者，则不足以结合感情，而光大其本体，于是乎以孔教复原为第一着手。

先生者，孔教之马丁·路德也。其所发明孔子之道者，不一而足，约其大纲，则有六义:

一、孔教者，进步主义，非保守主义。

二、孔教者，兼爱主义，非独善主义。

三、孔教者，世界主义，非国别主义。

四、孔教者，平等主义，非督制主义。

五、孔教者，强立主义，非巽懦主义。

六、孔教者，重魂主义，非爱身主义。

其从事于孔教复原也，不可不先排斥俗学而明辨之，以拨云雾而见青天，于是其料简之次第，凡分三个阶段:

第一、 排斥宋学，以其仅言孔子修已之学，不明孔子救世之学也。

第二、 排斥歆学（刘歆之学），以其作伪，诬孔子误后世也。

第三、 排斥荀学（荀卿之学），以其仅传孔子小康之统，不传孔子大同之统也。”[20]

这种描述未必是带有梁启超色彩的，比方说开篇就说中国是没有宗教传统的国家，而康有为强调儒家是宗教，只是人们“习焉而不察”。但梁启超揭示康有为之改造孔教的目的是十分正确的，就是为了“救中国”而复原孔教。这种复原是“今文经学”意义上的复原，也就是说根据时代的需要而重建。因此便产生了“六大主义”，也因此他特别主张从《春秋》出发，[21]以为其托古改制的思想提供依据。

康有为之“托古改制”理论，完全是为了他的政治变革主张提供理论支持。[22]但康有为之深谋远虑之处在于，他深刻地关注到制度变革的同时所必然带来的儒家思想的安顿问题。所以一方面他强调必须废除科举，推行西政西学，但同时又在新的制度设计中为儒家寻找新的生长点。

但在纷乱的时局中，康有为没有机会将建立教会提到议事日程上来并付之实施。随着戊戌变法的失败，康梁开始流亡海外，这使康有为有更多的机会考察海外的宗教的状况，而海外的生活同样强化了他对于民族文化认同的思考，并转化为对于孔教会的理论和实践的进一步推进。

而将孔子由一个至圣先师转化为“教主”，则拓展了孔子超越性，从而为孔教之干涉现实生活提供空间，比如说“孔子纪年”就是从孔教运动中生发出的极具冲击性的议题。