当时，虽然没人公开质问，但统治集团中不乏这样的困惑——为了保卫那片荒凉遥远的土地，值得如此大笔投入吗？对于这个问题，道光帝连想也没想过，他虽然不知道那片遥远、美丽的土地下面有石油、丰富的矿藏，但他知道，新疆的存亡不仅事关自己的脸面，而且，在战略上新疆是内地的屏障，新疆失守，陕甘就成了前沿，一味退缩，哪一天是个头？所以，绝对不能让步，他下定决心，大兵征伐，务必全胜而归。

为了保证战则必胜，道光和文武百官一起做了充分的研究。此次作战是多民族军队联合协同的军事行动，调派的部队主要由满族、汉族、蒙古族军人组成，本来互不统属，为了能协调一致，不发生内耗，道光帝告诫领兵主帅必须赏罚公正，“无论满汉官兵，总当视为一体，秉公持正，微功不掩，小过亦惩”。

另外，军事行动在民族地区展开，军队尤其要严格约束，尽量少惊扰当地百姓。为此指示“各宜凛遵纪律，安静遄行，现值大兵络绎出关，经历军台回部地方，尤当严明约束，除照例供顿外，不得丝毫扰累”。

前面说过此次军事行动的后勤保障尤其重要，军队自然要尽可能在当地采买粮食，根据《平定回疆剿擒逆匪方略》记载，道光帝未雨绸缪，预先告诫各路将领“随时体察情形，可买则买，应少买则少买，傥不应该买则竟不必买，总须按照时价公平采买，断不可苛派扰累回户，别滋事端”。总之，严令军队务必吸取以前教训，沿途搞好军民关系。

道光君臣不得不面对另一个回避不了的困惑——新疆当地民族对张格尔叛乱持什么态度？确实，新疆的民心向背也关系着这次军事行动的成败。经过分析，君臣认定加入叛乱者“自系逆裔张格尔煽惑所致，其中甘心助逆者，谅必无多”。

大家一致认为，清政府新疆当局的贪官污吏必须严惩，从而给新疆百姓一个交代；今后的统治政策也要作适当地调整，当然，调整统治政策这个问题一时难以谋划，但大方向可以确定，个别实在说不过去的科派、陋规现在就可以下令革除。

道光帝指示大臣立即将这些决定刻在石碑上，以示朝廷的决心。凡是被裹胁参加叛乱的当地少数民族群众，只要解甲迎降，均可放宽处理，令其各安旧业。在这些举措之后，道光君臣相信新疆百姓会全力支持这次即将到来的重大军事行动。