元朝末年，兴盛了三百多年的真如寺在火灾中化为灰烬。明初，寺院的殿堂房屋、湖田山产逐渐被当地豪右侵吞盘夺。

明神宗万历二十年(1592年)，北京万佛堂住持洪断和尚到云居山重建真如寺。神宗母亲“慈圣皇太后”得知消息后，派使赐予紫衣等法物和一尊千华卢舍那佛铜像，铜像高达丈余，还赐了《大藏经》一部共678函。万历三十年(1602年)殿堂僧舍相次落成，神宗皇帝御书了匾额楹联。禅堂联云：“智水消心火，仁风扫世尘”。匾曰：“寡过未能”。据史书记载，洪断法师把他重兴真如寺的经过，简记刻石，与前代渗金古释迦像、舍利磁瓶、梁公砚、古炉瓶等法宝文物一起，埋藏于大殿佛座下地宫石涵内，作为永久纪念。据说，此物至今尤存。其后的住持有颛愚、戒显、元鹏、明熙和尚等。直到清朝，真如寺一直兴盛不衰，成为我国佛教禅宗的重要寺院。

中华人民共和国成立后，这座千年古刹才又恢复了生机和活力。1953年，中国佛教协会名誉会长虚云和尚主持了重建工作，虚云老和尚以百岁高龄率僧众开荒垦地，躬耕陇亩，打地抛砖，重建寺庙，再塑佛像。至1959年，殿堂僧舍相继落成，建筑面积约662l平方米，新塑寺内佛像50余尊，有120多名僧人住持。虚云法师圆寂后，性福、海灯法师相继担任真如寺住持。正如传印法师所述，僧人成立了僧伽大队，“耕云锄雾，打地抛砖，坐禅结七，讲经传戒，一派农禅景象，俨然百丈家风。”

中国佛教协会常务理事长性福大和尚和全国政协委员海灯法师相继担任过该寺主持，现由中国佛教协会会长一诚法师执掌法席。真如寺历代主持均认真奉行“农禅并重”之祖训，并以“世界最大、最正统的禅学中心”而誉播四海，使该寺禅风鼎盛。

虚云老和尚与真知寺

中国佛教近代禅宗泰斗虚云老和尚，对中国佛教的传承和发展做出了巨大的贡献。在他120岁的人生中，处处充满神奇的色彩----铁树开花、猛虎皈依、树神受戒、灵狐护法。重建南华寺、云门寺、云居山，整顿鸡足山、鼓山等名山古刹。一身肩挑五宗：传临济、曹洞，续云门、法眼、沩仰，创办佛学院培育僧才，组织建立中国佛教协会，为中国佛教呕心沥血，福慧天下苍生。正如他对自己百年的总结：“坐阅三朝五帝不觉沧桑几度，受尽九磨十难了知世事无常。”

虚云老和尚在1934年受李汉魂将军之请，在重修广东韶关南华寺期间，湖南沩仰宗祖庭沩山禅师来到南华寺，至诚礼请老和尚前去恢复满目沧夷的沩山寺，因老人正在重修南华寺无暇分身，更重要的是老人家已推算出因缘还没成熟，但对沩仰宗一脉隐没失传几百年实为痛心，应各大名山大寺诸山长老之请，续接为沩仰宗第八世传人，并着手整理沩仰宗理论资料，同时也在思索以后如何传承下去等重大深远问题。

1953年虚云老和尚在江西庐山大林寺静养期间，云居山真如禅寺几位禅师来陈述云居山千年禅宗场，自1939年被日本侵略军炸毁以来庄严的大佛仍坐在废墟百草丛中，可怜的几个僧人在用生命守护着偌大的千人古道场。老和尚悲从心起，不觉潸然泪下，当时就决定前去云居山礼祖。达到后见如此清净的莲花佛国，真正是禅家的世外桃源，就建了七间茅蓬住下，发愿重建云居山。在此过程中，关于沩仰宗法脉传承问题，又时刻呈现在老人的脑海之中，云居山在其历史上虽属曹洞宗道场，但一直是十方选贤的大丛林，临济、云门、法眼、沩仰四宗也曾经在此弘扬过，如今沩仰宗刚续起，需要有个大道场作为弘扬的本山基地，于是决定在云居山挂沩仰宗钟板，边重建边考察座下的学子，至圆寂前，据不完全统计，有三十多人被传为沩仰宗法子，其中著名的有：宣化上人、圣一老法师、性福大和尚、海灯法师、心明法师、传印法师、一诚长老（再传法子）、戒全老法师（再传法子）等等一批当代佛教界的精英骨干。

但在老人的心目中，仍有些失落。因为沩仰宗的传承与弘扬，不能离开祖庭道场。饮水思源，沩山密印禅寺、仰山栖隐禅寺皆为首选，而沩山远在湖南，有由于当时当地的政治影响等因素，老人深感力不从心；而仰山近在咫尺的宜春市，虽然近代随国运而香火凋零，但主体地势龙脉尚保存完好，恢复起来较容易些。于是计划前往宝峰寺、百丈寺、仰山栖隐禅寺礼祖。但事与愿违，因急需与云居山地方政府讨论山林土地问题，只到达宝峰寺礼祖之后，便返回云居山了，以后有因种种因缘，仰山之行一直未能如愿。

在老人晚年之时，将修复沩仰宗祖庭仰山栖隐禅寺的心愿交付弟子们，希望以后因缘成熟，代老人完成一生中最后一个心愿，既续接沩仰宗法脉，要上对得起历代祖师先辈，下对得起众多沩仰宗子子孙孙，使他们有个栖心隐身之处。

1959年九月，老和尚示寂于云居山真如禅寺，据老一辈师父们讲，老和尚分身舍利不计其数，时值社会动荡，除了后人收藏和流传海外的，当时也有僧人曾经将一些舍利子悄悄藏于云居山某处山坡上，但当事人相继于圆寂文革期间，地点也随之失传。所以留传下来的已不多，其中最大的一颗舍利子现保存于云居山真如禅寺，为镇寺之宝，有些被老和尚所恢复的各大丛林请去建塔供养。

改革开放以后，党和国家落实了宗教政策，云居山真如寺得到全面恢复。1985年沩仰宗第十世传人一诚大和尚荣升为云居山真如禅寺方丈。云居山真如禅寺完好地保存了农禅并重、道风纯扑、发扬中国传统道德文化等因素，被中佛协评为全国三大样板丛林之一。2005年秋，沩仰宗第十一世传人纯闻大和尚，众望所归，当选为云居山真如禅寺方丈，并举行了隆重的升座法会。

1992年，地处宜春市靖安县的马祖道场---宝峰禅寺开始恢复，而此时宜春市袁州区的领导们也开始思索如何恢复沩仰宗祖庭---仰山栖隐禅寺，待宝峰寺逐渐修复，当地人民也逐渐收益后，于1998年正式开展修复仰山栖隐禅寺各项准备工作。2002年香港旭日集团董事长杨钊居士亲自带人来考察，但由于种种因素，或是因缘的不成熟等等，一直未能启动修复工程。

2004年，由上海瀚森集团董事长黄新根先生发大愿心，带头首批布施净资人民币200万元，将开山祖师------慧寂禅师塔院修复。并于当年冬季举行了落成法会，一诚长老扶塔哽咽，香港圣一长老含泪无语。作为沩仰宗的传人，在耄耋之年能看到祖庭百年再起，一种叶落归根的感触，触动了人们内心人性的共鸣……

2005年春，宜春市政府主要领导再次亲自出面，邀请中佛协会会长一诚长老来主持修复仰山栖隐禅寺的工作，一诚长老经过深思熟虑，认为时机因缘已到，决定委派沩仰宗第十一世传人养航法师前来代理负责修复仰山栖隐禅寺各项工作。经过一年的艰辛准备，决定于2006年5月17日举行大雄宝殿奠基典礼法会，全寺的修复工作即将全面展开。

恢复道场非常有功德，能让施主有修福培德的机会，能带来福报和消除宿世业障，是难得的殊胜之事。但对负责人员来说难度也不小，山民搬迁、征收山村土地、还有大量坟墓也需要提前移出；各项工程设计、合同、施工等等------真是百废待兴！

虚云老和尚一生修复大小道场几十处，全凭一颗永不退转的愿心，现在修复仰山栖隐禅寺，不单单是圆成虚云老和尚的遗愿，我们后世弟子的心愿，也是为了全面弘扬中国佛教传统文化，为全社会、全世界更加和谐生存与发展，贡献一份力量。