马林科夫的提纲写道：“敌人想把内务部机关提到党和国家之上。任务在于把内务部作为党和政府的机构置于党的监督之下。”“敌人想利用内务部机关达到犯罪的目的，任务在于消除任何重复这类犯罪的可能性。内务部机关在国家机关体系中采取了最大可能滥用职权的措施。任务在于不允许滥用职权。”“贝利亚同志在内务部的地位，他从这个岗位上监督政府，现在如果不纠正，这孕育着大的危险。”提纲也点到了指控贝利亚的一些事实。值得注意的是：在“怎样纠正？”的题目下写着：“调离部长会议副主席的位置，任命为石油工业部长”，“中央主席团——解决大问题——书记、主席签署”。这似乎说，以后党和政府的大问题由党中央主席团解决，中央书记和部长会议主席共同签署。

这个提纲表明，在主席团会议上许多人发了言，看法并不一致。从贝利亚7月1日给中央写的第二封信的内容也可以看出，主席团会议开的时间比较长，会上对贝利亚的指责他都听到了。会上也没有作出逮捕贝利亚的决定，逮捕行动是由少数人事先决定并准备的。

有关贝利亚的罪名，对他的起诉和审判的一切程序和细节，都由苏共中央主席团决定

贝利亚被逮捕后，6月27日中央主席团作出召开中央全会的决议。6月29日苏共中央主席团才作出了关于组织侦讯贝利亚反党反国家罪行案件的决议。侦讯工作不能由内务部进行，决定交给检察院。赫鲁晓夫对现任检察长萨福诺夫不信任，便任命他的亲信乌克兰检察长鲁坚科为新的苏联检察长。6月30日鲁坚科奉命赶到莫斯科，主席团责成他在一昼夜内组成侦讯机构报主席团批准，并要求按照主席团的决定收集贝利亚集团成员的反党反国家敌对活动的事实。

苏共中央全会7月2日至7日在莫斯科召开。会上马林科夫的报告、赫鲁晓夫的讲话以及其他人的发言，极力把斯大林死后贝利亚通过中央主席团采取的改革尝试说成他企图把内务部置于党和政府之上的罪行，把纠正民族政策上的错误说成挑拨各民族之间的关系，把贝利亚在处理民主德国问题的意见说成“是帝国主义的代理人”。

中央全会最后通过了《关于贝利亚反党反国家罪行活动的决议》。档案集的编辑说，党中央决议上“反国家”几个字是后来加上去的，可能是鲁坚科从法律角度指出后作的修改。1991年曾经在《苏共中央通报》上公布了1953年7月全会的速记纪录。这一次档案集中收集了两份速记纪录，除了已经公布的纪录，编者还找出了没有经过重新编辑和加工的原始纪录稿。据编辑考证，在1953年9月赫鲁晓夫担任了中央第一书记后，书记处根据新的形势对7月会议的速记纪录进行了比较大的加工和修改，其中赫鲁晓夫和莫洛托夫的讲话改动最大。

中央全会以后，审理加速进行。

7月26日，逮捕了内务部副部长柯布洛夫。7月29日，苏共中央主席团通过了剥夺贝利亚全权代表的决议。贝利亚的亲属包括年迈的母亲、岳母、他的妻子、妹妹、儿子在内的20余人被逮捕。

9月12日，苏共中央主席团通过了把贝利亚的亲属迁出格鲁吉亚的决议。