选派工作在广州、上海、北京、天津等大城市进行。消息一传开，上万名青年踊跃报考，考中山大学一时成为革命的时髦象征。广州当时是全国革命的中心，最终第一批录取的300名学生中（中共党、团员占80%以上），广州占了180名、上海50名、京津地区50名；鲍罗廷特别推荐了20名，他推荐的都是国民党要人子弟，如蒋介石之子蒋经国、邵力子之子邵志刚、李宗仁内弟魏允成、张发奎弟弟张发明、邓演达弟弟邓明秋、于右任女婿屈武等。

当时的莫斯科中山大学还处在秘密状态，不对外公开，也不挂牌子。1925年11月中旬，莫斯科中大举行了隆重的开学典礼，典礼厅主席台上悬挂着苏联和中华民国的国旗。列宁、孙中山的画像并列悬挂在两国国旗中间。托洛茨基主持了开学典礼并作演讲。

当时的苏联，国内战争的创伤尚未完全恢复，经济建设还没有走向正轨，但年轻的苏维埃共和国为莫斯科大学却花费了大量的人力、财物。据当时苏联档案记载：莫斯科大学预算为1000多万卢布，还动用了当时十分紧缺的外汇供学生回国探亲用，苏联政府还尽一切努力来保证学校的教学需要和学生生活。当时，在莫斯科中山大学的中国学生享有优于苏联老师的待遇，学校给学生发放西服、大衣、皮鞋、冬装，寒暑假还组织学生进行夏令营或参观旅游。

1927年，中国大革命失败后，全国笼罩在一片白色恐怖之中。根据斯大林的意见，共产国际决定，中共第六次代表大会在莫斯科举行；并从中山大学抽调了部分俄语基础好学生担任大会筹备组工作，如李培芝（王若飞夫人）、孟庆树（王明妻子）、杜作祥（陈昌浩妻子）、瞿景白（瞿秋白弟弟）秦漫云等，都参加六大筹备组的材料翻译工作。大会材料都是中山大学教授依据共产国际和斯大林的指示拟写；担任翻译工作的中山大学的学生万万没想到，他们翻译的材料，都是中共六大的决议和文件，他们比中共六大领导层的核心人物，如向忠发、周恩来、李立山等，还先看到六大文件。

中共六届一中全会后，共产国际为了培养更多的中国共产主义运动干部，决定在莫斯科中山大学增办一个特别班，轮训中共党内高级干部。早期著名活动家林伯渠、徐特立、吴玉章、何叔衡、叶剑英等，便是这个特别班的学员。

20世纪20年代后期，中国国内革命形势发生急剧变化，国共合作最终破裂，中国国民政府与苏联的关系，也日趋冷淡。中国革命形势以及中苏关系的剧变，对莫斯科中山大学产生了强烈的负面影响，导致中山大学生源严重不足。

1927年7月26日，国民党中央执行委员会发表声明："取缔"莫斯科中山大学，并与之断绝一切关系，同时命令各级组织，严禁再向莫斯科派遣留学生。

莫斯科中山大学自身在办学方面，也存在一系列问题，如资金投入与人才产出的失衡等一系列问题的综合作用，最终导致这所大学停办。

莫斯科中山大学于1930年夏天，宣布解散；前后历时短短5年。

1946年4月8日，王若飞、秦邦宪等中国共产党代表，参加在重庆举行的中国政治协商会议与国民党进行的和平谈判后，与叶挺、邓发一起乘飞机返回延安准备向中共中央汇报工作途中，因气候恶劣，飞机在山西省兴县黑茶山失事坠毁，机上人员全部遇难。4月19日延安3万多群众在延安机场举行隆重追悼大会。毛泽东亲笔写下"为人民而死，虽死犹荣"的题词和《向"四八"烈士致哀》的悼词。这是为"四八"烈士送葬行列。