1958年，全军开展“反教条主义”运动，萧克被打为 “反党集团核心”，调任农垦部副部长。1968年1月，解放军“支左小组”进入农垦部开展“大清查”，萧克再次被隔离审查。已过花甲之年的他在1969年12月被安排去江西永修的“五七”干校“接受再教育和再审查”。永修的生活条件非常艰苦，山里的冬天特别潮湿阴冷，冻得实在受不了，萧克就用跑步、劈柴等方法来取暖。尽管萧克身处逆境，但他那重原则的个性一点也没变。当时有许多专案组来找他调查核实有关材料，他总是实事求是地有啥说啥。

当地山民并不把萧克当“改造对象”看待，反而主动与他聊天拉家常，孩子们也很喜欢他，要他抽空讲红军和长征的故事。身为开国上将，萧克没有一点架子，而且还很喜欢与群众交流，不论是二三十岁的青年还是七八十岁的老年人，萧克都跟他们谈得很投机。

1972年1月16日，组织上通知萧克回北京工作。临走时，他将自己在“五七”干校当木匠、油漆匠时做的凳子、桌子甚至笨重的木工凳都带了回去，一直舍不得扔掉。他常说那是他在江西那段特殊岁月里的一个永久纪念。此后，云山垦殖场的干部群众还经常到北京去看望他，找他叙叙旧。他曾对门卫说，只要是江西的人来找我，就马上通知我。

“我早已经把江西看作是我的第二故乡了。”每当谈起江西，萧克总是感慨万千地这样说道。他在《回忆录》里这样写道:我对江西有着难以割舍的特殊感情，我最早参加战争（北伐战争）是在江西，参加八一起义是在江西，在井冈山时期跟着朱德、毛泽东打游击还是在江西，我指挥红军游击兵团作战的主要地方还是在江西……可以说，在我此身的革命历程中，江西是我成为一名共产主义战士和一名军事指挥员的起点。江西的山山水水、一草一木都让我留恋，江西的父老乡亲多少年来总在我的梦中萦绕。无论我走到哪里，只要我一想到江西，便会从心底涌起一股乡土般的恋情……