活动于甘肃之高天升、马学理等部白巾军，由阶州(今武都)进入龙安。闰四月，在竹子山口击败清军，杀总兵施缙后再返甘肃；八月间，夜袭陕甘总督长麟于徽县伏家镇，杀将军富成及游击台清阿等官兵千余；九月，进至陕西，在略阳、沔县(今勉县)，杀总兵札勒杭阿，在西乡法宝山杀提督王文雄、副将鲍贵等。

活动于湖北之徐天德、樊人杰等部白巾军，转战鄂西北，六月间在南漳马家营击败明亮部，杀总兵王凯等；十月，在远安牛鹿坡击败追击清军，杀总兵李绍祖、参将沈庆春等。

白巾军虽然仍获多次作战胜利，但自身损失很大。自五年夏起，清廷“筑寨团练”及“坚壁清野”等措施逐渐生效，使白巾军在战略上开始转入被动，不仅粮源、兵源日渐减少，而且行动经常受阻，难以进行大范围的流动作战，而主要在川、陕、楚边境地区进行出击及流动。六年正月至七月间，在清军连续进击下，各部白巾军仅剩干余或数百、数十人，基本上被限制在南山老林之中。实力较强者，尚有苟文明、樊人杰及蒲景等少数几部。至七年七月时，此三部亦先后被清军歼灭。十二月，额勒登保上报嘉庆帝“大功底成，川、陕、楚著名首逆全数肃清”，实际上尚有多部小支白巾军活动于南山老林进行游击作战。八年二月，清骁将、提督穆克登布深入老林追击，为少数伏击战士格杀。八月，被清廷解散之部分乡勇，参加白巾军，不时向老林以外出击。九月，在西乡附近击败堵击的清军，杀副将朱槐。白巾军在极为艰苦的环境中，又坚持战斗1年余，直至九年九月，最后一位白巾军首领苟文润被叛徒杀害，历时9年的白巾军(白莲教)大起义方告结束。以川、楚、陕白巾军大起义为转折点，清朝开始由盛世走向衰落。

点评:修堡筑寨、固守一地与硬拚的作战指导，是白巾军起义初期被清军各个击破的主要原因；大踏步前进、后退，实施流动作战，虽然在一定时期内获得了战争主动权，粉碎了清军聚而歼之的战略企图，但由于没有建立根据地，当清军实施筑寨团练及坚壁清野时，即完全丧失了主动权，是白巾军后期终于失败的主要原因；教、军合一的组织形式和封建家长制的管理制度，致内部派系林立，战争中缺乏统一领导、计划及各部不能密切协同，亦为白巾军失败的重要原因之一。

1786年人口3亿9110万人，起义失败后，人口为2亿7566万人，相互屠杀损失了1亿1千万人口。

这一点存疑，虽然数字出于清朝的官方户籍档案

因为白莲教起义发生的地区实际上相当小，涉及的不过是湖北西部，四川东部，陕西南部，河南西南部。该地区的总人口估计仅为3000－4000万左右。