正当清军集中兵力会攻襄阳白巾军时，四川达县徐天德率众数千人，于九月十五日起义于亭子铺；东乡(今宣汉)冷天禄、王三槐起义于莲池沟，巴州(今巴中)罗其清、通江冉文俦等先后响应，共有义军十余支，各有众数千，“概以白巾裹首”，分别占据山区险要，筑垒防守。署四川总督英善及成都将军勒礼善率兵进击东乡，在娘娘庙老营湾两次受挫被歼数千，此时白巾军已遍布川东、川北。清军兵力既少，两次被歼后士气又极低。但白巾军既未能相互联合，又未能扩张战果，仍分散守寨，各自为战。四川形势未有更大发展。

襄阳白巾军先在陈家河(襄阳北)以伏击战击败追击清军，后又击败河南巡抚景安所率4000人清军于魏家集(今邓县南)，迫其退守南阳。嘉庆帝将永保治罪，改令惠龄统一指挥各军。二年正月，湖南苗疆暂时平定，镇压苗民起义之清军万余人，转用于进攻白巾军，徐天德、王三槐部在金峨寺、香炉坪一带，遭清军重兵围攻，损失严重，仅余2000余人。襄阳白巾军在清军围攻下，亦损失甚重；遂改据守寨垒及硬拚战法为流动游击战法，分三路经河南、陕西向四川作战略性转移。沿途“不迎战，不走平原，唯数百为群，忽分忽合，忽南忽北”，伺机以伏击、突袭等战术，痛击追击清军。途经秦岭，大批流民加入，队伍日益壮大，经四月转战，六月二十三日到达东乡，与四川白巾军徐、王部会师。

嘉庆帝切责各统兵大臣，再次更换统帅，命陕西总督宜绵取代惠龄统一指挥各军。七月间，清军集中于川东、川北，对白巾军形成包围态势。当地人口稀少，义军数万人食粮难以筹集。襄阳白巾军留一部兵力由李全率领，协同四川白巾军作战，主力分两个梯队重返湖北。姚之富、王聪儿部为一梯队，由奉节出川，在白帝城与阻击清军激战3昼夜，进入巴东、归州(今秭归)地区，乘虚攻下兴山，经保康、南漳向襄阳前进；高均德等部为二梯队，出川后经当阳、远安向荆州(今江陵)前进。清军急调重兵加强荆、襄防务。襄阳白巾军突然回师房县、竹山。八月，在郧西大败明亮部，杀护军统领惠伦及丰伸布。尔后北进陕西。九月，李全部亦至安康。

襄阳白巾军回师荆襄，调动清军主力集中于湖北，四川白巾军压力遂减轻。大批群众加入四川义军，攻占巴州、达州地区许多城镇，声势复振。十一月，襄阳白巾军翻越大巴山，再度进入川北。俟清军集中至通江、太平一带时，再返陕西。清军堵、追均无成效，陷于被动。嘉庆帝第三次易帅，命湖广总督勒保统一指挥各军。三年二月，襄阳白巾军姚之富部进攻郡县(今眉县)不克，李全部经盏厔(今周至)进逼西安，在焦家镇与总兵王文雄部激战失利。两部遂分路向湖北转进。三月，姚之富部在山阳之石河铺、宽坪等处连遭挫折，至三岔河(今陕西镇安东南与郧西交界处)被清军及乡勇包围。激战终日，转战至郧西之却花坡，矢尽援绝，突围未成，全军覆没，姚之富、王聪儿跳崖自杀。

李全、高均德两部在两河关(今旬阳西北)、茅坪(今洋县北)等地亦屡次失利，遂西进凤县，经略阳、宁羌(今宁强)入川，五月至仪陇，与罗其清、冉文俦部会合。白巾军全部入川，清廷集中5万兵力，三路进击。在川白巾军，仍多依险筑垒，固守硬拚，遭很大损失。罗其清、冉文俦先后被杀，王三槐被诱俘，仅冷天禄等数部，转移至梁山、忠州及川东地区。四年初，嘉庆帝亲政，总结三年战争教训，在政治、军事上进行调整：撤换作战不力的惠龄、宜绵、景安、秦承恩等领兵大臣；任勒保为经略大臣，统一指挥川、陕、楚、豫、甘五省军队；大力推行乡勇、团练，保甲制度，筑堡团守，坚壁清野，同时采用“剿抚并用”方针，宣传“若能悔罪投诚”，“不咎既往”。白巾军亦接受三年战争教训，放弃固守寨垒战术，改用分散出击与流动作战相结合的战术，开始分路向川西、甘南及陕、楚作大范围的往返流动，以便于保存自己、筹集军粮、扩充人员、争取主动及伺机歼敌。

白巾军的多路流动作战，在一定程度上取得了主动，部队日益壮大，清统兵大臣福宁上奏：“贼以胁从而日增……新起之贼实多于剿除之数”；清军疲于奔命，大量减员。清领兵大臣明亮上奏：“臣自去秋至今，日夜追贼，往返五省，所领兵3000……仅存干余”。嘉庆帝于七月再次更换统帅，将上任仅半年之勒保“逮问治罪”，八月改任额勒登保为经略大臣。额勒登保任经略后，采取“驱各路之贼逼归川北”，然后“聚而歼旃”的作战方针，同时大力推行团练、寨堡及坚壁清野政策。

九十月间，张汉朝战死、高均德被俘，徐天德部略有斩获，唯冉文俦之侄冉天元一年来多次击败清军，部队又发展至万余人，活动于大竹地区。十二月间，川北各部白巾军北进陕南，一部由略阳强渡嘉陵江进入甘肃秦州、巩昌地区。清军主力尾随白巾军进入甘陕，冉天元乘虚趋定远，于五年正月十五元宵节抢渡嘉陵江进入川西，进攻蓬溪县城。四川总督魁伦命总兵朱射斗，率兵3000人驰援，冉天元围城打援，于十九日在老虎岩以伏击战全歼清军，杀朱射斗。部队迅速发展为5万余人，声势大振。德楞泰急从广元、昭化南下增援。冉天元再以后退诱敌、设伏聚歼战术，在江油包围了清军温春、赛冲阿两部，予以歼灭性打击。三月，该部在马蹄岗与清军激战三昼夜，德楞泰仅余亲兵数十人，行将就歼，都司罗思举突率乡勇来援，冉天元被俘，清军反败为胜。冉部万·余，由张子聪等率领，南下太和镇(今射洪)，渡过潼河，进入川西富庶地区。成都戒严。嘉庆帝逮魁伦入京，令其自杀，重任勒保为四川总督。