5月中旬，聂荣臻又多次找人谈话，了解十四条的修改意见和试点情况。他还请陆定一、郭沫若、张际春、周扬、龚子荣等意识形态部门的领导人帮助修改。经过反复讨论、实践、修改，聂荣臻认为，《科学十四条》已趋于成熟。6月20日，他向中共中央和毛泽东写了《关于当前自然科学工作中若干政策问题的请示报告》，报告的后面附上以国家科学技术委员会党组、中国科学院党组名义写的《关于自然科学研究机构当前工作的十四条意见(草案)》。请示报告就有关政策和思想问题，要向党内干部把道理说清楚，讲透彻。

第一个问题是红与专的关系问题。请示报告认为，当前红专的关系存在的问题主要是:一，有一些同志只从红的方面要求自然科学工作者，忽视和放松从专的方面要求他们。二，红的方面要求，有一些偏高偏急、不切实际、不加区别的毛病。三，有些单位简单化地把自然科学工作者划分为“红专”和“白专”，非红即白，给一些政治上属于中间派(有一部分甚至是左派)、业务上比较钻研的人戴上“白专”的帽子，打击了一些应该团结的人，挫伤了他们的积极性。

报告的第二个重要问题是如何正确地对待百花齐放、百家争鸣的方针。对此，聂荣臻在报告中提出了若干具体的意见:

学术问题上，鼓励各种不同的学派、不同的学术见解和对于具体学术工作的不同主张，进行自由探讨，自由辩论，自由竞赛。对于学术问题的讨论，要不戴帽子，不打棍子，不贴标签，不用多数压服少数；允许自由地发表自己的意见，坚持与保留自己的意见，让科学实践与时间的考验来逐步明辨是非。

正确划分政治问题、思想问题、学术问题和具体工作问题之间的界限，对于学术问题和具体工作问题上的不同意见，不要当作思想问题来批判，更不要把思想问题引申为政治问题来斗争。

此外，报告还对理论联系实际，培养使用科学人才中如何克服平均主义，科学工作中如何保密，保证科研的时间，研究机构中党的领导方法等问题提出了看法。