1960年8月召开的第八次全军院校工作会议，根据林彪的指示，要求军队院校必须贯彻“少而精、短而少”的教学原则，实现“非常无产阶级化，非常战斗化”。还制定了很多压缩学制、减少课程、突出政治与军事教育的具体措施，要求各院校贯彻执行。

在此之前的一个月，教育部在青岛召开部属36所重点高校教学改革研究会议，苏广义等旁听了会议，一些院校在发言中，调子很高，提出要“反修批修”“拔白旗”，狠抓走“白专道路”的人。苏广义等回校向孔从洲汇报会议精神后，孔从洲坚决地说，拔白旗，搞来搞去就是要把几个业务尖子搞掉，我们不搞。

此后，炮工也根据要求进行了教学改革，但是在孔从洲的支持下，他们把教育部“自力更生抓尖端”与炮兵党委“教学水平不低于地方同类院校”作为“尚方宝剑”，仍按照自己的想法对教学大纲与计划进行着一些“削枝强干”的改进。突出政治、思想工作也是延续哈军工炮兵工程系的成功经验，发动教师做学员的思想工作，并且认定，学生都是按照部队院校的标准录取的，政治素质都很高，思想问题主要是学习跟上跟不上的问题。

这种根据教育本身的发展规律，根据自身的实际情况灵活执行上级指示，实际抵制极“左”路线的做法，保证了教学秩序与质量。但是在1964年的第十次全军院校工作会议上，炮兵工程学院却与哈军工等四所学校被作为反面典型受到了批评。

在那个年代，在运动中，“批评”往往会上纲上线成为“批判”，一旦被“批判”，不仅政治生命结束，甚至生理生命也会消亡。但是因为有孔从洲院长在那里顶着，祝、苏、沈，以及其他一大批有想法有干劲的干部，都在为学校的健康发展奋力拼搏着。正如苏广义所言：“孔从洲院长是我们的中流砥柱！”

1964年6月27日周总理签发命令，任命孔从洲将军为炮兵副司令员兼炮兵科学技术研究院的院长，调离了炮兵工程学院，此后他就一直负责炮兵科研和装备发展工作。他离开南京后，仍一直关心与支持炮兵工程学院的建设与发展，支持炮工的一些科研项目。今天的南京理工大学已经发展成为一所以工为主，理、工、文、经、管多学科协调发展的全国著名重点高校，在短短的50年里，培养出了包括全国最年轻的科学院院士之一卢柯在内的6名院士，成为建国后培养院士最多的中国大学之一。它也成为中国国防现代化建设中科学研究与人才培养的一支重要力量。相信孔从洲将军若看到他在艰难岁月中亲手组建的学校已经取得如此成就，定会感到十分欣慰的。(来源：《人物》杂志)