1994年，中共中央总书记江泽民视察长江工程

1997年11月，时任中共中央政治局委员、中央书记处书记的胡锦涛考察了三峡。他指出：三峡工程建设已取得的成就证明，把社会主义制度能够集中力量办大事的优越性同市场机制以及先进的科学技术、管理方法结合起来，就可以焕发出巨大的物质力量。

1998年1月初，中国长江三峡工程开发总公司根据国家有关工程质量的法令、法规，结合三峡工程建设实际，制定《三峡工程质量管理办法》(试行)，并于1998年1月正式执行。

1998年1月13日-17日，江泽民总书记视察重庆市及库区移民工作，要求把移民放在大事之首，抓住机遇，埋头苦干。

1998年4月21日，三峡永久船闸一期开挖工程通过竣工验收，工程质量合格率达100%，优良率达82.6%，总体质量完全达到设计要求。

1998年5月1日，临时船闸通航。临时船闸是三峡工程投入运行的第一个包括土建、机电设备工程设计、制造、施工与运行调度的综合性项目。

1998年5月5日，被称为二期工程生命线的二期围堰防渗墙实现单墙封闭，不仅为二期围堰安全度汛创造了条件，也为实现二期基坑抽水目标赢得了工期。

1998年5月14日，由长江水利委员会地球物理勘测研究院提交的《长江三峡水利枢纽一期主体工程建基面弹性波检测工程》通过专家评审验收，其成果报告正式归档，载入了三峡工程建设史册。

1998年6月1日，三峡工程二期围堰下游防渗墙宣告全线封闭，共完成防渗墙面积25746平方米。

1998年7月，三峡坝区遭遇57700立方米／秒流量的大洪水，坝址水域来水量达到1877年以来历史同期最高值。三峡工程经受住洪水考验，工程主要项目正常施工。

1998年10月8日，三峡永久船闸上游引航道靠船墩浇下第一方混凝土，这标志着世界最大的船闸已由开挖阶段转入混凝土浇筑阶段。

1998年10月28日，三峡库区秭归新县城举行落成庆典，提前5年完成了县城整体搬迁任务。

1998年12月28日-30日，国务院总理朱镕基对三峡工程库、坝区进行了考察，并谆谆告诫全体三峡建设者，三峡工程是千年大计，国运所系，质量是三峡工程的生命，质量责任重于泰山。

1999年4月2日，美国参众两院议员组成的大型访华团一行70人参观三峡工地。中国三峡总公司总经理陆佑楣就三峡工程的防洪、发电、移民、水库泥沙及工程建设等情况回答参众议员的提问。

1999年10月3日，三峡工程永久船闸南线五闸首保护层最后一方石碴被运往碴场。至此，由武警水电部队第四支队担负的永久船闸南线开挖全线告捷，这标志着永久船闸主体开挖工程圆满结束。

1999年12月31日，三峡工程全年完成混凝土浇筑458.52万立方米，超额完成年浇筑448万立方米混凝土的计划，远远超过巴西伊泰普创下的年浇筑混凝土320万立方米的记录。

2000年1月24日，三峡工程左岸电站厂房首台机组基础环在一号机安装就位，标志着三峡左岸电站厂房施工由土建施工为主转入土建与机组埋件安装并举阶段。

2000年7月17日，150户639名重庆市云阳县农村移民外迁到上海市崇明县落户。这是由政府组织的首批外迁移民。

2001年1月5日，长江三峡工程淹没区及迁建区文物古迹保护规划报告正式通过审查。