格瓦拉与他的游击队员们在玻利维亚的丛林中

理想主义与现实的矛盾，使他离开古巴进入他国丛林

在革命胜利后的古巴，格瓦拉在取得古巴国籍后只呆了六年。当时，中苏论战势同水火后，他感到两面为难，便在1965年2月再次来华访问，他主张同苏联停止论战，但他的建议未被接受，他也没见到毛泽东。带着忧郁离华后，格瓦拉便在公开场合消失，并登报宣布放弃职务和国籍，使古巴政府不必对其行为负责。

后来人们知道，1965年春，格瓦拉进入了刚果（利）东部，指导当地的左派游击队。几个月后，他失望地离开，因为他感到当地人不愿认真打仗，所以失败无法挽回。隐蔽回古巴休整几个月后，1966年11月，格瓦拉又带领几十个说西班牙语的外籍人进入玻利维亚，在丛林中展开游击战。

对于格瓦拉为什么出走，三十多年来不少研究者有过多种解释。多数意见是，他想摆脱国际共运的分歧，在南美洲再树立起一个革命榜样。不过，从近些年发掘出的他的一些当年的文件笔记中看，格瓦拉其实有更深层次的想法，他对社会主义建设道路有诸多疑问，想另辟一条新路。

古巴革命胜利后，格瓦拉是首任国家银行行长，可他却主张废除货币建立“不用钱的文明”。从事建设时，他反对“物质动力”，主张消灭个人主义，要求用劳动竞赛来驱动。由于美国的封锁，经济难以自给的古巴不得不大量接受苏援，在体制和指导原则方面也学习苏联模式，对此格瓦拉很失望，认为从列宁推行“新经济政策”起就开始了“资本主义复辟”的先例，而只有战争条件下同志关系才是真正纯洁的兄弟关系。他这类理想主义的主张，在和平建设的现实生活中注定难以实行，到另一个国度用以往的战争方式再做新探索就势在必然。

抛弃古巴优裕且安宁的城市生活，再进入毒蛇蚊虫出没的南美丛林，对从小便患哮喘病的格瓦拉绝非易事，但是为了理想他义无反顾。在近一年艰难的山区游击跋涉中，格瓦拉只靠一匹骡子驮行李，忍受了诸多困苦，面对追剿和陷入绝境也毫不动摇，并宣布绝不让敌人活捉自己。在1967年10月8日的最后战斗中，他因负伤并犯了哮喘病，才当了俘虏。