社论说，为什么吴主席在紧要关头与马英九的意见相左？论者多半归之于“总统府”沟通不力，“对吴主席不够尊重”、“刷掉亲民党的人选让吴主席难以向宋楚瑜交代”。平心而论，这些当然都是可能的因素。不过，最重要的，恐怕还是马吴二人对于党政关系，立场不同所产生的冲突。

马英九希望党扮演选举机器的角色，对于当局的政策与人事，多支持而少干预，绝对不能以党领政；吴主席则认为，当局若只要求党为政策人事背书，而不能让党参与决策，绝对行不通，党政之间固然要有分际，却绝对不能党政分离，各行其是！

认真的说，马吴的观念其实差异不大，双方都认为党政分际有其必要，也都体认“以党辅政”的重要性。问题出在新当局组成之后，忙于收拾民进党留下的烂摊子，没有时间认真探讨党政关系，也疏于党内沟通协调，明知党中央及党籍“立委”不满，却不能适时疏通化解。例如这次同意权行使，在事前既未充分征询党中央的意见，审查过程中，又未能精确掌握“立法院”的动态，只是透过党政平台，希望党中央出手稳住局面，以致最后发生变化，已经无法挽回，足见不只是操作出了毛病，而是结构上就有问题，尽管如此，目前结果诚然令人难堪，但若就此重新建立一套有效的党政运作机制，也未尝不是转机。