本案在上周爆出“证人吴丽洳笔录遭检方移花接木”的疑云，法庭因此决定２３日对这名证人当初受侦讯时的录音进行勘验。

据岛内媒体报道，马英九阵营在听过检察官侦讯台北市政府出纳吴丽洳的原始录音后，认为检察官在侦讯过程，只要吴丽洳的答话不符检方需求，就打断其答话，并不断做诱导式的讯问。虽然吴丽洳最后仍答称“不清楚”或“我完全忘了”，但笔录却记载“是，没错”，有扭曲证人证词之嫌。而检方在起诉马英九时，引用了吴丽洳的证词做为论罪证据，因此其笔录的真实性对于本案的发展将尤为关键。

２００６年８月，有民进党籍民意代表告发马英九在台北市长任内“违规”使用“特别费”，台检方随后展开调查并迅速侦结，认定马英九将不需单据核销的“特别费”

１１００余万元新台币存入私人薪资账户，未用于公务又申请为个人财产，涉嫌贪污，对马英九提出起诉，但未具体求刑。