在中国煤炭工业协会专家咨询委员会副主任乌荣康看来，地方部门的“掣肘”也是一个不容忽视的问题。“比如说去年煤电油运紧张的时候，各个省的煤中央就很难调过来。各个省把自己的需要放在第一位，本省的煤矿都是先满足本省的需要后再往外运。企业领导的帽子在省政府手里掌握着，他不听不行啊！”

在另外一些学者看来，未来的能源部面临的最大难题还在于法律层面。《能源法》征求意见稿第十二条规定：“国务院其他有关部门在各自职责范围内负责相关能源管理工作。”那么，哪些范围是“各自职责范围”？“相关工作”又是哪些工作？学者担心：法律界定的不清晰可能会导致未来能源部与其他部门之间的“纠纷”，能源部依法开展的工作将面临难处。

就是对“国务院能源主管部门”的工作职责，征求意见稿也没有做出具体规定，只是说“由国务院规定”。这也就意味着未来能源部开展工作拥有的只是行政授权，而缺乏具体的制度依据。

“一个职责不清、授权不明的机构，将统领中国能源发展事业，这是一种令人可怕的制度设计。”有学者对未来能源部如此评论道。