辫子军于7月12日挂五色旗投降，冯国璋于14日电请奉还大总统给黎元洪，但黎元洪知道尽管自己命令段祺瑞复职，但段祺瑞决计不会尽释前嫌、善罢甘休，因此不愿就职，并通电全国决意去职。

当然，这些只是表面现象，实际的情形则是:北洋系内部十分讨厌黎元洪，但是南方的国民党和西南诸省坚持认为黎才是合法的总统；黎元洪的策士金永炎看到这个民心向背，就在上海用黎大总统的名义发出了一个“奉诏讨贼”的通电；伍廷芳也带着外交总长的公章赶到上海，声明继续办公；军界老人丁槐更偷偷携带大总统印玺避居上海，扬言除非黎大总统的亲笔信，否则谁都别想拿走印玺……

这些事是否出于黎元洪的策划，不得而知，但是相对于北洋系的强势，黎派的这些做法实在是小儿科。不久段祺瑞迫使黎元洪下达了免除伍廷芳的外交总长令，接着上海护军使卢永祥打通租界的关系，将丁槐收监候审，“传国玉玺”自然就落到了北洋系手里。

但段祺瑞内阁中还是有君子的，比如张国淦就力劝段祺瑞迎黎元洪复位，他说:“相对而言，和黎元洪共事其实比较容易，因为他手中无兵，而且刚经受过挫折，会吸取教训；而冯国璋既有兵权，又是新官上任，遇事必然逞强好胜，因此更难对付。”

张国淦在府院之争的时候就是一个十分可爱的鲁仲连，如今他抛出这个很有道理的办法，确实是出于对黎元洪对段祺瑞的一片爱护之忱。可惜段祺瑞竟然没有采纳，原因可能有二:一是他对黎元洪已经深恶痛绝，以他刚愎自用的个性，不可能委屈自己；二是他对北洋系内部的手足之情有信心。

因此，他兴高采烈地给冯国璋发电报，电文干脆利落四个字:“四哥快来！”冯国璋一看之下，心中的棠棣之华登时怒放，连连对身边人说:“你们看，你们看！芝泉这个粗人，芝泉这个粗人！”随即命驾北上，就任了中华民国第四任大总统。同时，黎元洪通电全国，指天为誓说:“即赴津宅养疴，息影家园，不闻政治。”

其实在冯国璋做出最后决定之前，他的僚属是进行过激烈的廷辩的。一派人极力劝说他北上就职总统，因为“天与”如何可以“不取”呢！而且老在南京代理总统，终究影响国际观感。另一派人就持重得多，他们觉得要做总统也要在南京做，一去北京就龙游浅水，黎元洪是前车之鉴。冯国璋在大事上素来缺乏决断，因此犹疑不已。

这时靳云鹏来游说他说:“北方的局势如一个大香炉，香炉三条腿，大总统您是一条，其他两条是总理和东海（指徐世昌）。有这样三条腿，您还怕香炉站不稳吗？我保证，这次四哥到了北京，能做一辈子的总统。”冯国璋脸上渐露微笑，于是下了决心。不过他还是留了个心眼，出发前以总统身份调任他最亲信的江西督军李纯为江苏督军，为他守住了大本营。

他进京后第一件事是派使节赴紫禁城面“圣”，一方面表示对清朝的感念，另一方面也通知小皇帝溥仪，您的“吾家千里驹”现在已是腾空而去了！他做的第二件事则是委派总统府的要员，名单中既有张一麐这样的彬彬文质，也有张宗昌这样的跋扈将军。接下来他要做的，便是调和北洋系内部的关系了。他与段祺瑞执手相对，誓言今后再不会有府院之争了！他还把好好先生王士珍请出山来做了参谋总长，使北洋三杰聚首中央，他满怀憧憬地说道:“我们三人无所谓总统、总理、总长，只求合力办事。”

东晋时，“王”与“马”共天下，对半壁山河的稳定很有好处。如今，“北洋三杰”若能拿出小站时的精神气质，精诚团结，一致对外，未始不能使国家有所起色，使其人生境界更上层楼。但是，他们一旦趟上政治这潭浑水，就无法避免上演“三个和尚没水吃”的闹剧。

接下来不久就发生了新的府院之争，而且较之前一次，有过之而无不及。由于段祺瑞是两次府院之争的当事人，可见其必有责任。当初他和徐树铮把黎大总统当成盖印工具，把“黎菩萨”气得要死要活的；如今他竟然对冯四哥也如此跋扈，真是令人侧目。如此一来二去后，冯、段的私交大受影响，连往日常设的麻将局都渐少终无了，再加上徐树铮仍旧把冯国璋当黎元洪使唤，关系不僵才怪。

但是新府院之争比旧府院之争毕竟上了一个档次。黎元洪和段祺瑞的旧府院之争，更多的是一种名器之争，总统认为总统是老大，总理却认为总理是第一，因此为了一些芝麻绿豆的小事都可以大动干戈，实际上有民国元年内阁制与总统制之论争的余响。但冯国璋与段祺瑞的新府院之争，却是一种政见之争。段祺瑞鹰扬虎视，要用武力征服全国，是把南方军政府当作敌人来对待的，这是承袭了袁世凯时代的敌我划分；但冯国璋却希望“和平混一”，视西南实力派为愤而出走的兄弟，因此寓含了对袁世凯的否定。