1916年6月袁世凯临死前，对徐世昌、段祺瑞执手呜咽道:“按照《约法》，由宋卿（黎元洪）继任总统，你们要好好辅佐他。”可能是有感于此，当在川作战的张敬尧等将领致电表示愿推举段祺瑞为总统时，被他断然拒绝。此事被外人知晓后，举国一片赞叹之声。当时，袁世凯戕害约法，解散国会，民国已遭到严重破坏，如今有一个宽仁谨厚的黎元洪担任国家元首，有一个正直不阿的段祺瑞主持内阁，又有国民党和进步党共处国会，宪政实现已依依在望，全国上下对此表示了一致的乐观。

但是，段素来刚愎自用，又自恃为北洋勋宿，从内心深处对黎元洪抱轻视态度，和黎绝少交往；黎元洪则外柔而内刚，虽不足威慑别人，却自有不屈的意志。因此府院之间不可能有亲密的关系。再者，段祺瑞并不是一个非常勤奋的总理，大小事务多委之于秘书长徐树铮，而徐偏生是个恃才傲物的人物，他奔走于府院之间，处处越俎代庖，以前就为袁世凯所厌恶，现在更为黎元洪所不喜。有一次，徐树铮拿着一份委任状请黎元洪盖总统印，黎问起其人的履历，徐竟然回答道:“现在实行内阁制，总统您何必多问！我很忙，您还是快点盖印吧！”黎十分愤怒，对左右说:“我本来不要做什么总统，你看他们眼中哪里有我！”而段祺瑞对徐却每每纵容，有一次徐以辞职要挟黎元洪，段祺瑞竟为他说情，说他“为人耿介，不屑妄语”云云，甚至于说“凡徐所为，本人愿负其责。”黎元洪等听了，都觉寒心。因此，最初的府院之争，与徐树铮有很大关系。

徐树铮的嚣张跋扈，使府秘书长张国淦愤而辞职。黎元洪为对抗徐树铮，乃聘请一样霸气纵横的丁佛言为府秘书长。丁佛言与黄远生、刘少少并称“报界三杰”，笔锋锐利，又素喜打抱不平，如今乃利用报纸为黎元洪张目。徐树铮则以牙还牙，创办《公言报》与之抗衡。于是府院之争，竟然成为报端的花边新闻，搞得天下皆知。而黎段二人也日渐身陷其中不能自拔，后来竟至事事必反，为争而争。以对德宣战一事为例，最初是黎元洪主张与德国绝交，段祺瑞则深信德国必胜的，到后来在张国淦的游说下，段祺瑞又变成了一个极端的反德派，极力主张对德宣战，黎元洪为了与段祺瑞相反，硬生生地转变为亲德派，竭力反对宣战。到了1917年5月，在府院之争的影响下，国会仍然在是否参战的问题上犹疑不定，段祺瑞乃组织军队和“各界人士”包围国会，并胁迫、殴打议员，企图强行通过对德宣战案。国会忍无可忍，乃呈请黎元洪免去段祺瑞的总理职务。5月23日，黎元洪签署了罢免令。段祺瑞下野后避居天津，坚持认为在责任内阁制中，总统的命令非经总理副署不能发生效力，即便任免总理也是如此，因此并不承认自己已经下野。他在天津厉兵秣马，等待时机，徐树铮则为他策划了徐州会议，直接推动了张勋复辟，再由段祺瑞“黄雀在后”。于是，才一个多月功夫，段祺瑞便暗渡陈仓，“三造共和”，赢得了第一次府院之争的胜利。

获得府院之争的胜利后，段祺瑞便准备开始他武力统一中国之路。只是这武力统一需要军队，这军队哪里来？段祺瑞此时很想效仿袁世凯小站练兵一样，训练出一支真正的嫡系军队。可这编练军队离不开钱，而此时的民国政府连北方都不能完全统一，又哪里来这一大笔练兵的钱呢？正当段祺瑞为难之际，徐树铮给他出了一个主意，以编练参加一战军队的名义向日本借款练兵。可这日本的钱是那么好借的吗？日本人提出借钱可以，但必须把德国在山东的权益全部让读给日本政府方才愿意借款。

说实话，北洋这批人里真正看得起日本的没有几个，段祺瑞也不例外，为了达成他统一中国，富国强兵继而重现汉唐雄风的梦想，段祺瑞没怎么考虑就答应了日本的条件，也签订了密约。也就是这一纸密约引发了日后的五四爱国运动。

段祺瑞在获取了大宗参战借款又得到大量新式武器装备的供给后，便以中国参加第一次世界大战为由，在已经临时派出陆军第三十三团和海军“海容”号巡洋舰出国参战的同时，于1918年秋开始大规模地正式筹组参战军。

参战军的最高统帅为参战督办，由段祺瑞自兼，下设参战军训练处，处理指挥、训练、经理、卫生和补给等一切事宜，实际上等同于当时的司令部。铡其责者称参战军督练，由段系大将靳云鹏担任。

为了造就确实可靠的封建武力，编练之初先成立了参战军军官教导团和参战军军士教导团，团长分别由曾任北京讲武堂堂长的陈文运和曾任保定军校校长的曲同丰担任。受训者则前者在保定军校的优秀毕业生中和接近皖系的初级军官中挑选，后者在接近皖系的北洋各陆军师中有一定文化的优秀士兵中挑选。教导团每期三个月。受结束后担任参战军初级军官和军士。其实，段编教导团的真实目的，还是想通过对这些军中青年的培训造成与其的师生关系，并想以此为纽带行成效忠于段氏个人的派系武力。

1919年初，在参战军教导团的基础上，派员分赴安徽、山东、河南三省招兵，很快招足了三万人，组成了三个师，师长分别由曲同丰、马良、陈文运担任。各师划分驻地，开始训练。此时，第一次世界大战早已于上一年结束，段祺瑞却仍旧在紧锣密鼓地大练参战军，可见其醉翁之意不在酒。

参战军的编制系采用北洋陆军常务军编制。每师步兵两个旅，骑兵、炮兵各一个团，工兵、辎重兵、机关枪兵各一个营。每步兵旅辖步兵两个团，每团三个营，每营四个连，每连战斗兵126人；骑兵团直辖四个连，每连骑兵128人；炮兵团辖三个营，其中第一、二两个营装备野炮，三营装备山炮，口径都是75毫米，每营三个连，每连炮4门；工兵营辖四个连，分任通信、架桥和筑城作业；辎重兵辖四个连，运输工具全部是马车；机关枪营辖四个连，每连重机关枪6挺。全师官兵共计一万余人，参战军使用的武器，除山炮外，全是崭新的日本造。

三个师以外，参战军训练处还直辖有重炮一个营，装备有当时最先进的150毫米榴弹炮和105毫米加农炮，也全是日本造，就连用来挽炮的马匹也是从日本运来的大洋马。

参战军的训练，全部按照日本军队的教育方式进行。曲同丰、陈文运等参战军主要骨干均毕业于日本陆军士官学校，不仅直接般取了日军的训练教材，而且还聘有不少的日本顾问，用以指导训练。训练时间牙定为一年。由于参战军的各级军官全部毕业于各级军官学校，军士又都有一定的文化基础且经过了层层的挑选，接受能力较强，所以说，参战军的训练计划和内容是比较严密和全面的，训练成绩在当时来说也是不错的。1919年12月，第一师在进行旅攻防演习和步炮联合射击科目检验时，曾邀请军政各界首脑和各国驻华武官到场参观，赢得了较高的赞誉，使段祺瑞更加的骄狂不可一世。

到了1919年8月，第一次世界大战结束已经9个多月，大概段祺瑞也觉的参战军之名实在不能再用，便将“参战”二字改成“边防”。于是，“参战督办”变成了“边防督办”，“参战军”也变成了“边防军”。只是“边防督办”并不驻节边防而是仍旧坐在京城把持朝政，“边防军”也并不戍守边疆而是继续驻扎内地要地（第一师驻北京北苑、第二师驻山东济南，第三师驻北京南苑）。