章宗祥早在留学日本期间就对日本情有独钟，他认为:“平心而论，日本所得西方之科学，以之转授于中国，实绰有余裕”(《东京之三年》)，主张中国只要向日本学习就足够了，根本没必要远渡重洋到什么美国、欧洲去取经。

归国之初，章宗祥就受到“自负有伯乐之能”的肃亲王的大力保举，这匹“千里马”很快就被朝廷特赐“进士出身”，从此鸿运高照。到1916年初袁世凯取消帝制、段祺瑞组阁的时候，章宗祥已经多次出任司法总长一职，并与曹汝霖等四人组成了段内阁中所谓的“新派”，也成为段祺瑞实行内政外交政策的主要助手。因他们都是亲日派，时称“东式外交家”。

当时段祺瑞为了拉日本作为自己的后台，特任亲日的章宗祥为驻日公使，以便与日本政府建立密切的联系。此时日本政府寺内正毅内阁刚刚成立，该内阁一改前届内阁用武力强迫中国的侵略方式，有意用向中国政府贷款的办法来控制中国政府，实行经济侵略。章宗祥使日后，也以“弥补中日之间的裂痕”为己任，竭力与日本建立所谓的“友好关系”。为了向日本借款，章宗祥和日本方面的西原龟三经过多次密商，达成了多笔借款协定，其中由章宗祥签字的借款有:“满蒙四铁路借款”2000万元，“济顺高徐二铁路借款”2000万元，“参战借款”2000万元。而“济顺高徐铁路借款”是以出卖山东路权为代价的，直接酿成了巴黎和会中国外交失败的后果。因此，正如时人评述的那样:“章宗祥之卖国成绩，可与李完用先后媲美也。愿我国人共起而逐之。不去庆父，鲁难犹未已也。”(大中华国民《章宗祥》)

1918年底，中国政府派陆徵祥为特使经日美赴巴黎参加和会。陆徵祥系亲美派的外交官，对日本人没有好感，因此他途经日本期间，有意地避免与日本官方接触。但章宗祥却极力拉拢陆徵祥，希望陆以“中日友好”为重，在巴黎和会上不与日本为难，并向日本政界中人夸口说:“陆易欺，与己有极密切之关系，此次欧洲和议，欲中国不开口，只须己之一言可耳。”(王芸生《六十年来中国与日本》)但事实上，陆徵祥却称病谢绝了在日的一切活动。章宗祥颇为恼怒，却也无可奈何。

1919年4月，章宗祥从日本归国述职。临行前，日本外务省为他饯别，吹捧他“为融和东亚民族起见，极力化解中日两国人士之误会与斗争，以期亲善之实现”(《晨报》1919年4月11日)。而当章宗祥从东京车站启程前往神户时，却遭遇了截然不同的场面。他先看到车站上有数十名中国留学生手持白旗，以为是来送行的，没想到这些留学生却把他拦住，当面斥问他向日本借款之事。章氏“面红耳赤，惭不能答”(《晨报》1919年4月16、22日)。留学生们于是大骂卖国贼，并向他扔旗子和其他杂物，引得许多人驻足观看。章氏受此惊吓，自然闷闷不乐。到天津后他把家属安顿在那里，只身到北京述职。没想到不久发生了“火烧赵家楼”事件，章宗祥又饱尝愤怒学生的一顿老拳，过了很长时间才得以康复。

章宗祥伤势转好后，6月初也告病辞职。在辞职书里，他倒是没像曹汝霖和陆宗舆那样为自己辩解，而是老实地以伤痛为由请求辞职，以便“侍奉老父，退居田间”(王芸生《六十年来中国与日本》)。但他在事后的回忆录《东京之三年》里，还是推卸责任，为自己出卖中国主权的行为辩护。

1919年6月10日，章宗祥与曹汝霖、陆宗舆一起被免职。隐居一段时间后，章宗祥于次年出任中日合办的“中华汇业银行”总裁，1925年改任北京通商银行总裁。1928年后退出金融界，长期居住青岛。

抗战时期的1942年3月，章宗祥与曹汝霖一起被伪华北政务委员会请出来当所谓的“咨询委员”，还兼任日本人控制下的电力公司的董事长，继续为日本帝国主义效力。日本投降后，章宗祥迁居上海，直到1962年病死。