在上海方面组织特别法庭对宋教仁刺杀案进行审理的时候，却又遇到相当的困难。首先是凶手武士英已经无缘无故的暴卒；二是要犯洪述祖已经逃到青岛的德国租界，无从捉拿；三是涉案的国务总理赵秉钧称病躲进医院，对于上海方面要他出庭的要求，赵秉钧只管拿出医生的诊断报告，虽然发出过几次电报为自己辩驳，但就是拒不到庭（毕竟是民国第二号人物）。

在国民党内部，当时也形成了两种不同意见。大体来说，党内的激进派主张武力解决，而原来的稳健派则主张法律解决，特别是那些新当选的国会议员，更是如此。在宋案发生时，孙中山正在日本，他在得知消息后立刻于3月25日返回国内，随即在上海的黄兴寓所召开会议，以讨论下一步的对策。

孙中山在得知案件过程后极为悲愤，他在会上极力主张起兵讨袁，几乎把去年与袁世凯相谈甚欢的事情忘了个一干二净（判若两人的孙先生当时似乎也不甚成熟）。但是，参与会议的国民党高干们，大多不赞成孙中山要动武的意见。特别是二号领袖黄兴，他认为目前案件的审理对国民党一方有利，应该先考虑法律解决，不到最后一步不应该轻谈战事。

孙中山听后极为生气，他在心眼底已经认定袁世凯毫无救药，必然要搞专制复辟；与其等他露出狐狸尾巴，倒不如现在就动手。孙中山声称，只要现在给我两师的兵力，我就亲自率领向袁世凯问罪。但问题是，当时国民党连两个师的军队也没有。不过话说回来，就算当时有两个师的兵力，恐怕也像黄兴说的那样，敌不过袁世凯那些训练有素的北洋军----孙中山没有和他们交过手，黄兴可是知道他们厉害的。

事实上，当时宋案尚未完全厘清，即使国民党人有一千个理由怀疑袁世凯，但也不宜直接认定袁世凯就是幕后元凶，兴兵讨袁未免有“地方反抗中央”之嫌。因此，当孙中山要求对袁世凯动武的电报发出去后，国民党的三个实力派都督，江西都督李烈钧、安徽都督柏文蔚、广东都督胡汉民，都立刻回电表示绝无实力独立。

孙中山当时还有一个办法，那就是去日本争取援助，但他大概忘记了，在南北会谈前，他也曾在欧美、日本各国转了一圈，结果没有讨得一文钱，两手空空而回。那些列强虽然戴着文明帽，但都是些唯利是图的势利眼，在袁世凯没有当上总统的时候尚且不肯押宝到孙中山身上，如今袁世凯已经当上了大总统，他们怎么会再去支持孙中山呢？好在这个计划没有实施，不然日本要是乘虚而入（租借满洲），那孙先生就得背下千古骂名了。

国民党当时举棋不定的另一个重要原因是，中国有史以来的第一届国会要在4月8日开幕，这时候宣布讨伐袁世凯未免有点不合时宜，而大多数当选的国民党议员更是幻想着以国会来限制袁世凯的权力。这些人和宋教仁一样，都还沉浸在议会政治的迷梦之中。

第一届国会的开幕式也确实热热闹闹，激动人心。在开幕的前一天晚上，临近众议院的各街道上早已是布置得张灯结彩，流光璀璨，一片喜庆色彩。第二日，那些当选的参、众两院议员们都穿着崭新的大礼服，喜不自禁的陆续走进众议院会场。或许是“宋案”的关系，袁世凯当天并未出席，只是派出了总统府秘书长梁士诒及内阁总理、各部总长前来致贺，加上前来观礼的内外来宾，场面倒也算隆重。

等到上午十一点，各方人员均已到齐，国会筹备委员顾鳌宣布开幕典礼开始，先放了108响礼炮，接着才由各方代表发言。随后，总统府秘书长梁士诒也拿着袁世凯的贺词念道:“我中华民国第一次国会正式成立，此实4000余年历史上莫大之光荣，4万万人亿万年之幸福。世凯亦国民一分子，当与诸君子同深庆幸。”说完，梁士诒高举双手喊口号:“中华民国万岁！民国国会万岁！”梁士诒一举手，台下的议员们也都纷纷响应，口号声震耳欲聋，会场气氛达到了高潮。

袁世凯之所以不来参加国会开幕式，大概就是怕见这个场面、怕被感动罢。

国会开幕后，第一件事情便是要选举正副议长，当时的参众两院均分为两派展开了激烈的争夺，这便是国民党一派，共和党、民主党和统一党这三党为另一派。这些议员们开了多次预备会议，闹腾了半个多月，才算把议事细则及正副议长选举规则等办法搞好。在随后的参议院选举中，国民党参议员张继和王正廷分别当选为正、副议长；而在众议院的选举中，民主党议员汤化龙当选议长，共和党议员陈国祥当选副议长，双方基本打平。

在“宋案”陷于停顿、国会议员们忙着搞选举的时候，袁世凯也没闲着。他此刻正在策划一件大事，那就是前两届内阁都没有搞好的“善后大借款”问题。袁世凯凭着多年的政治经验，早已预料到要同革命党人摊牌，因此他需要筹措足够的资金来打仗。毕竟，不管在什么情况下，没有钱总是万万不能的。

4月26日晚，国务总理赵秉钧、财政总长周学熙、外交总长陆征祥在北京汇丰银行大楼与英、法、德、俄、日五国银行团的代表进行最后的谈判。谈判进行得很艰苦，双方代表一直谈到27日的凌晨才最后议定各项具体条款。

在借款合同中，五国银行团答应借给民国政府2500万英镑，年息5厘，期限47年；债券9折出售，扣除6％的佣金，等于只有2100万英镑；如果再扣掉之前的垫款、各国银行的借款及其偿付各省遣散军队等费用的话，实际上拿到手的不足1000万英镑，但到期归还本息就要6789万英镑了（比庚子赔款似乎要苛刻）。

当时的黄世仁不比现在，他在杨白劳面前还是很有权威的。“善后大借款”附加了很多条件，第一个便是必须以中国盐税、海关税及直隶、山东、河南、江苏四省所指定的中央政府税项作为担保，其次银行团还享有各种优先权、监督权、审核权、用人权等等。不过话说回来，当时的人也不懂什么国际会计原则，惊呼这些条款为“卖国”、断不可行，但后来设立的盐务署的外籍雇员从来没有超过50名，而同时期在海关工作的外国人至少达到了1300人。

当善后大借款已经签字的消息公布后，立刻在国内引起了轩然大波。首先是来自国会的质疑，国民党籍的参议院议长张继和副议长王正廷通电全国，称善后大借款不经国会批准即行签字，无疑是视国会如无物，荒唐可笑，岂有此理。随后，黄兴、柏文蔚、李烈钧、胡汉民等人也都纷纷发电报，斥责袁世凯违法借款，藐视立法机关，大有兴师问罪之势。

既然钱已借到手，袁世凯也就干脆撕下脸皮，他非但不理睬国民党籍议员的抗议，反气势汹汹的斥责孙中山、黄兴等国民党人说:“我现在算是看透了。孙文这些人左也是捣乱，右也是捣乱，除了捣乱，他们就没有别的本领了。你听听，孙文说什么'公今日舍辞职外，决无他策'，还说什么'必以前次反对君主之决心，反对公之一人，义无反顾'，他妈的，孙文还想下定决心跟老子干呢！你们可以告诉国民党人，我袁世凯就不能听人捣乱，他孙文若敢动枪动炮，或另行组织政府，我就发兵征伐，而绝无姑息养奸之余地”。