据《戊戌朝变纪闻》里说，就在光绪接见伊藤博文的第二天，慈禧太后突然御临便殿，设竹杖于座前，并召集了庆亲王和军机大臣、御前大臣等人跪于案右，而光绪皇帝则跪于案左。

随之，慈禧太后便疾声厉色地呵斥光绪:“天下乃是祖宗的天下，你何敢任意妄为！这些大臣，都是我多年历选，留以辅佐你的，你竟敢任意不用！还敢听信叛逆蛊惑之言，变乱朝纲！康有为是个什么东西，能胜于我选用之人？康有为之法，能胜于祖宗所立之法？你难道昏头了，不肖竟至于此！”

骂完光绪，慈禧太后又转头责骂那些大臣说:“皇帝年少无知，你们这些人为何不加以劝阻，以为我真不管，听他亡国败家吗？我早就知道他不足以承大业，不过时事艰难，不宜轻举妄动，只得对他留心稽察管束。现在我人虽然在颐和园，但心时时在朝中。我唯恐有奸人蛊惑，所以经常嘱咐你们不可因他不肖，便不肯尽心国事；所幸我现在身体还好，到时必不负你们”。

慈禧喘了喘气，又接着说道:“早些时候，奕劻还再三跟我说，皇上既肯励精图治，谓我也可省心，我因想外臣不知其详，并有不学无术之人，反以为我把持，不许他放手办事，今天总算知道这样是不行的。他是我立的皇帝，他要亡国，其罪在我，我能不问吗？你们不力诤，便是你们的罪过！”

群臣听后如捣蒜般叩头，连称有罪。这时，一向保守顽固的军机大臣刚毅面有喜色，他赶紧上前奏道:“微臣屡次苦谏，但每次都被皇上谴斥，至于其余众臣，也有言谏过的，也有不吭声的。”

慈禧太后听后，又转身问光绪:“要是有臣下变乱祖先之法，你可知该当何罪？你说说，是祖宗之法重要，还是康有为之法重要？背悖祖宗之法而行康有为之邪术，你怎么会昏聩到这种程度？”

此时的光绪早已吓得魂飞魄散，他战栗答道:“是我自己糊涂，洋人逼迫太急，我只想保存国脉，通融试用西法，并不敢听信康有为之法。”

慈禧太后听后厉声道:“难道祖宗之法不如西法，鬼子反重于祖宗吗？康有为叛逆，图谋于我，你不知道吗？还敢回护他！”

可怜光绪当时早已是魂飞齿震，脑子一片空白，竟不知所对。

慈禧太后又厉声追问道:“你知道还是不知道？或者你也是同谋？”

光绪皇帝战栗了半天，说:“知道。”

慈禧太后喝道:“既知道，还不将康有为正法，反要放走？”

在得知光绪知道康有为等人的“围园”之谋后，慈禧太后极为愤怒，她斥责光绪说:“我抚养了你20多年，你竟然要听小人之谗言暗害于我吗？”

光绪被吓得浑身颤抖，好半天才说:“我无此意。”

慈禧太后又是恨又是怒地斥骂道:“痴儿，今日无我，明日还会有你吗？”（倘若慈禧太后真的被害，光绪是否能掌控政局的确是未知之数。）

由此，慈禧太后便宣布训政并收回光绪皇帝的权力，随即又下旨捉拿康有为兄弟。几乎不费吹灰之力，慈禧太后便将戊戌年的维新变法消灭于无形当中。

当时京城中就流传着一首三言歌谣，讽刺袁世凯的出卖行径:“六君子，头颅送；袁项城，顶子红；卖同党，邀奇功；康与梁，在梦中；不知他，是枭雄。”原来，谭嗣同至法华寺游说袁世凯勤王后，袁世凯佯作答允，等到他回了天津后，便立刻向直隶总督荣禄告密，于是荣禄紧急报告慈禧太后，这才有了政变的发生。

紧接着，慈禧太后又发出密谕，将张荫桓、徐致靖、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第7人先行革职并交刑部治罪。接着，整肃行动进一步扩大化，诸多维新人士或如宋伯鲁等人被革职监禁、陈宝箴与熊希龄等人革职永不叙用、徐致靖等人被定罪流放，就连光绪和珍妃身边的太监也倒了大霉，在随后的几天里被杖毙4人。