依靠地方和人民群众办基础教育的体制，调动了各地办学的积极性，也促进和加快了各地基础教育特别是义务教育的发展进程。但由于中国区域之间经济社会发展的不平衡和明显存在的城乡二元结构，各地发展基础教育的财政能力存在巨大差距，这也就导致了在普遍发展基础上的区域之间、城乡之间基础教育差距的扩大。

为了确保中国义务教育的基本普及，中央和地方各级政府采取多种有力措施，向弱势地区和弱势人群倾斜。普及九年义务教育的难点被锁定在贫困地区、贫困农村和贫困家庭，这些也因此成为政府努力的重点。“九五”和“十五”期间，为促进中西部地区普及九年义务教育，国家实施第一期和第二期“贫困地区义务教育工程”，使全国范围内的义务教育发展最大限度地减小了差距，减少了不均衡现象。

在此期间，听从党中央、国务院的号召，中国城乡的广大人民配合政府也做了大量推进“两基”的艰苦工作，特别是在广大的农村地区，人民群众有钱的掏钱、有力的出力、有物的捐物，在广大的乡间盖起了一所所新学校，使中国在20世纪末基本实现“两基”的目标得以达成。在中西部贫困地区的许多地方，当地最好的房子是学校，学校里也大多竖立了在建校中捐款出力的人名碑，老百姓深情地说，这是政府与百姓携手共建的一座座丰碑，是我国的基础教育得以充分发展的基础。

基础教育管理体制的第二次变革:实行义务教育政府办。中央政府行为力度的加大，极大地促进了中国基础教育的发展特别是义务教育的普及。2000年中国如期实现了基本普及九年义务教育的基本任务。但是，在广大农村、边疆和少数民族地区的义务教育发展中却仍然存在困境和诸多实际的问题。

2000年3月，国务院决定在安徽省开展农村税费改革试点，探索建立规范的农村税费制度和从根本上减轻农民负担的办法，从而揭开了农村税费改革的序幕。农村税费要改革，要减免，要减轻农民负担，那么改革后的农村义务教育经费如何保障？

2001年，国务院召开全国基础教育工作会议，对农村义务教育管理体制进行了重大改革，明确了农村义务教育“实行在国务院领导下，由地方政府负责、分级管理、以县为主的体制”，并要求中央和各级政府要加大财政转移支付力度。“以县为主”的管理体制从总体上促进了中国农村义务教育的发展，应该继续坚持和落实，同时也应该得到进一步的完善和发展，特别是不能被错误地理解为教育投入仅以县为主。“管理以县为主，投入分级负担”，强调提供公共服务的各级政府对九年义务教育的责任，明确各级政府发展义务教育的财政责任。鉴于今天中国区域之间、城乡之间经济社会发展的巨大不平衡性和差异性，强调这一原则就更具现实意义。

实行免费义务教育:建立义务教育经费保障新机制。2005年11月28日，温家宝在联合国教科文组织第五届全民教育高层会议上的致词中向世界庄严宣布:“教育公平是全民教育的灵魂。没有教育机会的均等，就谈不上社会公平……从明年开始，中国将用两年时间在农村全面免除义务教育阶段的学杂费。”中国免费义务教育的序幕由此拉开。

2005年12月24日，《国务院关于深化农村义务教育经费保障机制改革的通知》，对农村义务教育经费保障机制作出了明确规定和重大调整。《通知》提出，按照“明确各级责任、中央地方共担、加大财政投入、提高保障水平、分步组织实施”的基本原则，逐步将农村义务教育全面纳入公共财政保障范围，建立中央和地方分项目、按比例分担的农村义务教育经费保障机制。中央重点支持中西部地区，适当兼顾东部部分困难地区。在2006年春节前后，中国西部农村的学龄儿童都得到了一张类似于新年贺卡的卡片，拿着它上学可以不再交学费、杂费和书本费，这是中国政府送给西部广大地区的农村孩子最好的新年礼物，也是中国政府排除万难，提前数年，第一次兑现《中华人民共和国宪法》的承诺。

2006年6月29日，全国人大常委会通过了新修订的《中华人民共和国义务教育法》。该法规定:“实施义务教育，不收学费、杂费。国家建立义务教育经费保障机制，保证义务教育制度实施。”它标志着实施免费义务教育已经上升为国家意志，被海内外广泛誉为“中国教育发展史上的重要里程碑”。这也标志着中国义务教育实现了由“人民教育人民办”到“义务教育政府办”的重大历史性转变。

20世纪90年代，随着中国社会主义市场经济体制的建立，政府管理经济和企业的职能已发生重大变化，由直接管理为主逐渐转向间接管理为主，由微观管理为主转向宏观管理为主，国有企业也下放或转制到地方。在这一社会发展的背景下，高等学校的管理仍然过于集中。时任国务院副总理李岚清在其教育访谈录中对当时中国高等教育管理体制存在的问题曾有形象的阐述:

在改革前，我国的高等教育基本格局是中央一套，地方一套，低水平重复建设。中央部委的院校办学是面向全国、面向行业的，地方需要人才不能从那里得到满足，地方就要自己办一套。而中央所属高校也是分别由各部委办的，后来有不少地方的行业行政管理部门(厅、局)也办了高校。此后，有的地方就形成“你有什么，我也有什么”，与中央部门所属院校和专业设置更加重复。我曾形象地描绘当时高等教育资源被分割的局面，就好像一块蛋糕，先被横切，再被竖切，左切右切，最后被切成蛋糕屑了。中央部委所属的高等院校虽然历史较长、基础较牢，但由于数量太多，经费有限，主管部门鞭长莫及，高校发展步履维艰。改革前中央部委所属院校共有571所，仅机械部一个部就有25所。当时有的部委直属高校的同志无奈地说，我们出身于“多子女家庭”，一碗饭得大家分着吃，只能熬苦日子。而地方所属高等院校的总体情况是办学历史较短、基础相对较差。尽管与中央所属院校的许多专业是重复的，但因为它们是地方的“亲儿子”，地方也得竭尽全力地予以支持，形成了一个大家都陷入低水平重复建设的困境。

李岚清在其教育访谈录中的这段描述，真实准确地概括和反映了当时中国高等教育发展的状况和管理体制存在的弊端。