对加尔文，真正重要的事并不是神学上的分歧，而是不同政见。所以，他要把卡斯特利奥送上世俗的法庭，而不是被传到宗教法庭。这样，一件道德上的争执变成了惩戒性的程序。在提交市政会的控告中说:“卡斯特利奥破坏牧师的威望。”市政会对此漠然置之，只给以“训斥”了之。但任命传教士的提名暂行停止。这时，卡斯特利奥认识到在加尔文独裁统治下，日内瓦不会有自由，便请求市政会解除了他的职务，从日内瓦重又回到巴塞尔。

在他辞去神学院院长的日子里，为了活着，为了养家，他夜以继日地工作，一个最伟大的学者，被迫做雇工的活。长期的匮乏，使他心力交瘁。即使如此，他从来未曾忘记他终身的事业:把《圣经》翻译成拉丁文和法文。他没有一天，没有一夜不工作，从来不知道旅游的欢乐、消遣的欢欣，甚至不知道名誉、财富等世俗的报酬。他宁愿接受无休止贫困的苦味，宁愿丧失睡眠的机会，也不愿对他的良心的不忠实。为言论的不可侵犯，意志的不可破坏而斗争，是他一生最最神圣的事业。

加尔文和卡斯特利奥，每一方都是不妥协的敌手。他们不能在同一城市，同一精神领域共同生活一天。虽然他们不在一个城市，一在日内瓦，一在巴塞尔，但彼此密切地注视着。这是一种哲学同另一种哲学的根本结仇，永远不能达成妥协。但他们二人的关系从紧张到激化，需要添加剂，这添加剂就是加尔文燃起火把，烧死塞维特斯。卡斯特利奥现在是骨鲠在喉一吐为快了。也是他对加尔文作生死搏斗的时候了。从这时候起，迫害进入第二阶段，“彻底消灭”。但卡斯特利奥决不等死，他反迫害的理论武器是《论异端》《答加尔文书》和《悲痛地向法兰西忠告》。

卡斯特利奥认识到在加尔文的独裁恐怖下，如果采取公开对抗，这正义的呼吁，甚至在当天就会被专政禁令所挫败。必须以机巧来对抗暴力，于是卡斯特利奥化名“马丁路斯·比利阿斯”出了一本《论异端》的书。此书采用科学和神学论文的形式，把博学的基督教士和其他权威人士有关异端及其是否应该迫害的论述汇编在一起，尤其引人注意的是，它插入加尔文在受迫害时反对迫害的文字，其一是在加尔文署名的文章中说:“使用武器对付被教会逐出的人，并否认他们拥有全人类共同的权利是反基督教义的。”其二是《基督教原理》一书中加尔文写到“把异端处死是罪恶的，用火和剑结束他们的生命是反对人道的所有原则的。”（当然，《原理》二版时，上面的话，被小心地修改过）现在的加尔文被从前的加尔文谴责为违反基督教义的人，这是加尔文特别恼怒和不能允许的。

在关于对纯粹思想上触犯的异端是否应加以迫害、处死时，卡斯特利奥质问道:“异端这一术语的真正含义是什么？”他回答说:“我不相信所有名为异端的是真正的异端……这一称号在今天已变得如此荒谬，如此可怖，具有如此耻辱的气氛，以致于如果有人要去掉他的一个私仇，最容易的方法就是控告这人是异端。一旦其他人听到这可怕的名字，他们就吓得魂飞魄散，掩耳不迭，就会盲目地不仅对被说成是异端的，而且对那些胆敢为他讲一句好话的人进行攻击。”

他进一步指出，加尔文关于什么是异端时，宣称《圣经》是惟一的法律文件。但是在《圣经》里却找不到这个词。“因为，首先要存在着一个教义的系统、一个正教、一个统一的教义，‘异端’这个词才得以流传”。可是，在五花八门的解释中，我们怎样才能确定什么是“真实的”基督教义，或什么是上帝旨意的“正确”解释呢？我们能够从天主教的、路德派的、再洗礼派的或加尔文派的注释中找到异端的定义吗？在宗教事务上，有没有这样一个绝对确定的、使《圣经》放之四海而皆准的东西？对一个天主教徒来说，一个加尔文派教徒当然是一个异端，同样，对一个加尔文派教徒来说，一个再洗礼派教徒，当然也是一个异端。一个人在法国是一个真正的信徒，而在日内瓦却是一个异端。反之亦然。凡在一个国家里将成为一个处火刑的罪犯，而在他的邻邦却被推戴为烈士。所以，卡斯特利奥说，“当我思考什么是真正的异端时，我只能发现一个标准:我们在那些和我们观点不同的人们的眼里都是异端。”

一方面塞特维斯受难的形象，对异端的大量迫害，驱使卡斯特利奥不能把自己的书只限制或局限于书生气的质问上，而是从书叶中抬起头来，去寻找究竟是哪些人在煽动如此暴虐而又自命为上帝的仆人，哪些人又徒劳地为自己的不宽容辩护。另一方面，《论异端》的出版和影响，使日内瓦的独裁者闻风丧胆。

当加尔文听到来自巴塞尔的消息，得知整个世界竟然敢于公开讨论处决塞维特斯一事，还没有来得及读一读《论异端》这本书，就写信告诫瑞士各宗教会议禁止此书流通，特别不能再讨论了。一声令下，日内瓦同声喊出了“异端”！“一个新的异端出现了”！他们要将这“地狱”之火在蔓延开来之前，一定要将其扑灭！另一方面加尔文认识到塞维特斯的殉难，对他比这位西班牙学者的生命和著作更为危险。于是加尔文便为他杀死异端而写了一份《保卫三位一体的真正信仰反对塞维特斯可怕的错误》（以下简称《保卫》）的辩护书，尽管他煞费苦心，拉上日内瓦所有教士在这份宣言上签名，但他，一方面把杀人的责任推给当局，另一方面证明市政会有权消灭那个魔鬼。这样，加尔文用一只手洗涮掉杀害塞维特斯的个人责任，用另一只手却制造了证据为当局开脱罪责。辩护词变成了自供状。

这样，卡斯特利奥就暂时中断学术研究，专心起草那个世纪最重要的起诉书《答加尔文书》，控告加尔文以宗教名义，把塞维特斯送上断头台。虽然《答加尔文书》主要针对一个人，但它在道德方面所表现出来的活力，却证明这是一篇闻所未闻、最光彩夺目的檄文。它反对用法律压制言论、用教条压制思想、用永恒的卑鄙压制永恒的良心自由。

《答加尔文书》一开头就表明，他既不接受也不谴责塞维特斯的观点，也不建议对宗教上的和注释方面的问题作出任何形式的判决，他只是对加尔文提出谋杀的指控。因为宗教信仰塞维特斯被烧死，而火刑的教唆者是加尔文。这一处决掀起许多抗议，特别在法国和意大利。为对付抗议，加尔文出了一本书《保卫》。我不会像加尔文对付塞维特斯那样对付他，即既不会烧死一个作者，也不会烧掉他的书。我所抨击的书《保卫》对任何人都是公开的，任何人都可以得到。两种版本都有，一种拉丁文，另一种法文。