1596年，一艘西班牙商船“圣菲利浦”号遇海难飘到土佐，增田长盛作为日本方的使节上船处理，扣押了所有船员。在审讯时，船长供出了西班牙人是如何利用天主教作为先锋，在取得当地的信任后建立殖民地的。这一供状让丰臣秀吉惊恐万状，他早就担心天主教徒会像国内的“一向宗”一样造反。现在他看到了天主教更大的威胁，毅然决定全面禁教。第二年，他把各地的天主教信徒和传教士26人逮捕，处死于长崎。

德川家康建立江户幕府后，出于经济上的原因，再次放松了对天主教传教的控制。圣方济各会等天主教修会的传教士再次进入日本进行传教。庆长十八年（1613），伊达政宗甚至还派遣家臣支仓常长出使罗马，觐见教皇。但就在支仓常长前往罗马的时候，日本国内却发生了大变化。新教国家荷兰的崛起使德川找到了不利用传教的贸易对象。而导致德川幕府禁教的导火线则是“冈本大八事件”。庆长十四年（1609），信仰天主教的大名有马晴信手下人与葡萄牙商船船夫发生械斗，造成流血事件。为报复，有马晴信申请将该船击沉并向幕府邀功。他重金贿赂家康的近臣本多正纯的家臣冈本大八，希望能通过他获得家康的赏赐，恢复有马家的旧领地。冈本大八却是个贪官，收了钱就中饱私囊不给办事。有马晴信就找到他上司本多正纯，双方一对质，本多正纯对此事愕然不知，事情败露。冈本大八伪造家康的朱印文件诈取钱财，被处以火刑；有马晴信被流放后责令自裁。元和六年（1620）又发生了“平山常陈事件”，平山常陈是一艘“朱印船”的船长，是拿着德川幕府颁发的许可证“朱印状”从事海外贸易的，在外海被英国船只俘获并与英荷船只一同被拖进了日本平户港。平山常陈遂向日本官方控诉英国人的“海盗行为”。不幸的是，在他的船只中搜查发现了两名西班牙传教士，这就使事件的性质变化了。因为传教士已经被幕府禁止进入日本，而英荷作为新兴殖民国家，与西葡两个传统殖民国家在亚洲有着利益冲突，他们抓住这一事件大做文章。英荷与西葡互相攻讦，令幕府大动肝火。两年后，将平山常陈与其船员一并处斩，并开始大肆搜捕天主教徒和传教士。元和八年（1622）八月五日，幕府在长崎将55名教徒分别判处火刑和斩首，史称“元和大殉教”。嗣后，幕府厉行禁教并宣布锁国。

但天主教在战国时期的传播速度使它在日本民间有了很大的影响，所以从家康开始的德川三代将军的野蛮禁教引起了民间的不满。宽永十四年（1637），在天主教的传播中心九州北部爆发了天主教徒的大规模起义，史称“岛原之乱”。岛原当地的农民以天主教信仰为旗帜，共推天草四郎为首领，德川幕府付出了重大的代价，终于在荷兰人的协助下把起义镇压下去。这次起义，也让幕府看到了天主教信徒力量的恐怖，于是更坚定了幕府严格执行锁国政策的决心。天主教信仰从16世纪中叶开始萌芽，到此逐渐衰亡，犹如昙花一现，在创造了一个辉煌的“切支丹世纪”以后退出了日本的历史舞台，天主教信仰也从此转入地下，直到明治维新前夜。