基洛夫被刺事件至今是一个案情扑朔迷离的历史疑案。凶手尼古拉也夫虽然当场被捕,并由当天赶到列宁格勒的斯大林亲自审问，但审讯记录始终没有公布，尼古拉?耶夫当月即被枪决。无论基洛夫案的真相如何，有一点十分清楚，即这个事件给斯大林提供了彻底清洗一切反对派（包括潜在的对手）、巩固自己权力地位的机会和采取种种非法手段以达到上述目的的借口。

当天，斯大林等领导人赶到出事地点，亲自过问这一案件。最初，政府宣布暗杀是白卫恐怖分子干的，并处决了104名白卫恐怖分子。半个月后，苏联报纸宣布，暗杀是托洛茨基、季诺维也夫反对派策划的。

基洛夫案件发生后，1935年1月18日，联共(布)中央就基洛夫暗杀案向各级党组织发出一封秘密信。信中说：“必须肃清机会主义的泰然自若，这种态度是从这样的错误假定出发的：随着我们力量的增长，敌人似乎会变得愈来愈驯服和不伤害人。这种假定是根本错误的。它是右倾的死灰复燃，它要大家相信，敌人将悄悄地爬进社会主义，他们最后会变成真正的社会主义者。布尔什维克不应当高枕无忧和粗心大意。我们需要的不是泰然自若，而是警惕性，真正布尔什维克的革命警惕性。必须记住，敌人的处境愈是绝望，他们就愈想把极端手段作为他们反苏维埃政权斗争的垂死挣扎的唯一手段。必须记住这一点，必须保持警惕。”根据这一信件的要求，各级党组织都开展“坦白和承认错误的运动”，许多人承认自己“警惕性不高”，“和‘敌对分子’有联系”，不少人被开除党籍和被捕，其中大多是原先的反对派分子。在这期间，根据党中央的指示，对所有党证进行了一次审查。

1936年7月29日，联共(布)中央向各级党。组织发出了《关于托洛茨基?季诺维也夫反革命集团的间谍恐怖活动的问题》的密信中，再二次号召各级党组织保持最大的警惕性，不管敌人伪装得如何巧妙，都要善于识别人民的敌人。信中说：“现在已经证明，托洛茨基?季诺维也夫恶魔在反苏维埃政权的斗争中，把我国劳动者的一切最凶恶的不共戴天的敌人——间谍、挑拨离间分子、破坏分子、白匪、富农等等都纠集在一起；这些分子同托洛茨基分子和季诺维也夫分子两者之间已没有任何区别了。我们的一切党组织、全体党员都应当了解，共产党员随时随地都必须保持警惕性。在目前条件下，每一个布尔什维克必须具备的品质就是，要善于识别党的敌人，不管他们伪装得如何巧妙。”

1934年12月1日晚，根据斯大林的建议，苏联中央执行委员会和人民委员会通过《关于修改各加盟共和国现行刑事诉讼法典的决议》，规定对各个加盟共和国现行刑事法法典在侦察和审理恐怖组织和对苏维埃政权工作人员进行恐怖活动有关事宜进行如下修改：凡属恐怖组织和对苏维埃政权工作人员进行恐怖活动的案件，侦察工作不能超过十天；控告结论在正式开庭审判前一昼夜交给被告；原告、被告双方都不参加审判；不接受判决上诉书和赦免请求书；极刑判决被宣布后立即执行。

当时很多干部没有意识到他们接受这个严酷与专横决议的同时，也为自己挖掘了坟墓。这是斯大林战胜敌方，清洗大批党内干部最有力的武器，因为这些人已经没有什能保护他们自己了。斯大林指挥内务部可以为所欲为肆无忌惮，任何人都可以说成是人民敌人，是阴谋集团的成员。限期十天内可以使用酷刑强迫被告屈招，没有上诉。

这个后来被称作“特别程序”的规定为政治清洗中采用非法手段罗织罪名、迫害异己打开了方便之门，成为斯大林随心所欲清洗政治对手的工具。此后，肃反运动被逐步推向高潮，其中第一步就是对所谓“列宁格勒总部”的审判。