清代理学沿承宋明理学而来。康熙帝尊崇程朱理学，将朱熹从原配享孔庙东庑先贤之列升为大成殿十哲之次，颁行《朱子全书》、《四书注释》，定其《四书章句集注》为科举考试的依据，由此，程朱理学便成为官方的统治思想和学术主流，呈一时之盛。当时还出现了一批理学“名臣”、“名儒”，如熊赐履、李光地、陆陇其、张履祥、陆世仪　等。但到了乾隆年间，汉学考据兴盛，理学逐渐衰退。昭梿《啸亭杂录·续录·理学盛衰》说：“自乾隆中，傅、和二相擅权，正人与人梗者，多置九卿闲曹，终身不迁，所超擢者，皆急功近名之士。故习理学者日少，至书贾不售理学诸书。”　

理学在乾隆时为何衰退？前人说法不一。按前引昭梿所说，是出于政治的原因。他在《啸亭杂录·书贾语》中又说：“自于、和当权后，朝士习为奔竞，弃置正道。黠者诉詈正人，以文己过，迂者株守考订，訾议宋儒，遂将濂、洛、关、闽之书，束之高阁，无读之者。”据此，理学衰退的原因可归为二：一是和珅等人的擅权，造成士风败坏，殃及理学；二是汉学考订者贬斥宋学。乾嘉时，由于汉学兴盛，成为学术主流，宗理学者以为受到汉学家的挤压，致使理学不振。现代研究者也有循此思路，将理学衰退归之于汉学的“一元垄断”以及汉学家对理学的排斥。　

乾嘉以来理学衰退，与上述原因应有关系。如政治上的影响，不仅是昭梿所说的由于和珅等人擅权所致，而且与康熙帝对理学的态度也有关。康熙帝既尊崇程朱理学，但也抑制了它的发展。对于理学，他并不关注其学理层面，而是强调“道学者必在身体力行，见诸实事，非徒托之空言”(《康熙起居注》第2册，中华书局1984年版，第1194页)。他尤其强调纲常伦理，突出理学对皇帝的忠诚，“使果系道学之人，惟当以忠诚为本”(《清圣祖实录》卷163，中华书局1985年版，第18页)。至于宗汉学者抱门户之见，贬抑宋学，也是事实。江藩所著《国朝汉学师承记》，明显扬汉抑宋，如他将黄宗羲、顾炎武“附于册后”，不入正传，理由是“两家之学皆深入宋儒之室，但以汉儒为不可废耳。多骑墙之见，依违之言，岂真知灼见者哉！”　

宗汉、宗宋者互为门户，彼此攻驳、诋讥，这是事实，但也不宜把他们的门户之见过于夸大，应全面看待二者的关系。乾嘉汉学盛时，尽管理学的学术地位下降，但程朱理学毕竟还是官方统治思想，科举考试仍以朱熹的《四书章句集注》为据，儒者从小就濡染于是。而程朱理学所倡的纲常伦理，又是儒者所共同遵行的。即使深持门户之见的江藩，在制行上也效法程、朱，且指责于汉学“有一知半解者，无不痛诋宋学。然本朝为汉学者始于元和惠氏，红豆山房半农人手书楹帖云：‘六经尊服郑，百行法程朱’，不以为非，且以为法，为汉学者背其师承何哉？”(《国朝宋学渊源记》，《国朝汉学师承记》附录，中华书局1983年版，第154页)治汉学者除“百行法程朱”外，在学术上也有对宋学持平兼采的，并不都是贬抑。如著名汉学家戴震、纪昀等对汉学之短并不回护，对宋学也不一味排斥。戴震认为：“圣人之道在六经，汉儒得其制数，失其义理；宋儒得其义理，失其制数。”(《与方希原书》，《戴震全书》第6册，黄山书社1995年版，第375页)纪昀则说：“汉儒重师传，渊源有自。宋儒尚心语，研索易深。汉儒或执旧文，过于信传。宋儒或凭臆断，勇于改经。计其得失，亦复相当。”(《阅微草堂笔记》，上海古籍出版社2001年版，第9页)戴、纪二人对汉学、宋学的长短、得失的评论，可谓实事求是，无所偏向。乾嘉汉学家中，主汉宋兼采者确不乏其人。如程晋芳治经“综核百家，出入贯串于汉、宋诸儒之说。”(翁方纲《蕺园程先生墓志铭》，《复初斋文集》卷14)阮元治学也持汉学、宋学之平，龚自珍称其为“汇汉、宋之全”。刘宝楠治经“不为专己之学，亦不欲分汉、宋门户之见，凡以发挥圣道，证明典礼，期于实事求是而已。”(刘恭冕《语语正义》后叙》)以上事实说明，乾嘉汉学盛行时，治汉学者并不绝对排斥宋学，不仅有较客观地对待宋学者，且有汉、宋调和、兼采者，认为汉学“一元垄断”，“狐狸”当道，以至使理学衰退，未免太过。