日军第65联队将俘获的部分中国士兵集中在幕府山以待屠杀。

日军在南京大规模的屠杀

燕子矶5万余人

草鞋峡5万七千余人

鱼雷营、宝塔桥3万余人

江东门、上新河2万8千余人

中山码头1万余人

仙鹤门7千余人

凤台乡，花神庙7千余人

煤炭港3千余人

汉中门外2千余人

三汊河2千余人

……

大屠杀过后，日军官兵普遍认为，中国人的尸体是不必收殓的。如果来不及焚烧或者抛入长江，他们宁可让大量的尸体横卧街头，暴露野外。然而时间一长，日军出于卫生安全和稳定事态的考虑，批准了当地的慈善救济组织成立收尸队，负责掩埋尸体。