事实上，此次发生的台日军机“对峙”事件，已经反应了台日军事关系的微妙变化。台湾早在李登辉、陈水扁时期，台日在军事上可谓“眉来眼去”、关系暧昧。以至于对日本的军事过激动作采取息事宁人的态度。1994年3月，台湾一架民间飞机在与那国岛附近差点被日本战机击落。但出于“台日关系”的考虑，台当局并未对日本战机针对民航飞机的危险举动做出任何强硬表示，最终不了了之。

陈水扁上台期间，台日军事关系更进一步发展。2008年，台湾“国防部”宣布，台海军“海鲨”演习管制区的右缘被确定在东经一百二十三度，和与那国岛的领海线实现了“无缝连接”。但日本方面对台军的演习却持默认态度，不仅显示台日双方的默契，更试图象征美日台共同防御安保的立场。

日本或将采取进一步动作

随着马英九上台，台日军事联系日渐平淡并开始趋于冻结。按照惯例，台日之间会对与那国防空识别区附近的空航情况进行相互照会和通知。和平时期，尽管日本方面不必将7月8日U4专机飞行目的和搭乘要员名单告知台方，但至少也应该照会台军，8日上午有日方飞机飞往与那国，从而避免日本防卫大臣滨田靖一的此次“空中惊魂”。但对峙事件表明，事先台日显然没有进行类似沟通。

在日本驻军与那国岛几成定局的背景下，台海空军位于台岛东部的一系列重要海空基地，不日将尽收日军眼底，以后台军在演习与日常巡逻中势必将会更多地接触到日方军机、战舰。而随着两岸关系的缓和，大陆与台湾在南海、钓鱼岛、东海油气开发等问题上的默契与合作程度也将逐渐增加。

在此背景下，不能排除日本对台湾采取更进一步的军事挤压动作，日台在相关海域和空域的军事“接触”事件会进入多发期。