然而，李登辉运用手中的大权，结合民进党势力，还是击败了“军事强人”郝柏村。1993年元月29日晚，一败涂地的郝柏村只得发表辞职声明。2月4日，郝柏村率“内阁”总辞，同时出任国民党“中央政策小组召集人”。2月10日，国民党中常会通过了连战出任“行政院长”的决议，连战在李登辉5年间主导的第四次“内阁”改组中成为新的“阁揆”。

郝柏村的下台，是李登辉策划、推行的“非蒋化运动”的结果，是非主流派的重大挫折。自此，非主流派全面退出国民党决策圈，国民党内失去了有效制约“国民党台湾化”、“李登辉独裁化”的力量，失去了避免国民党在“两个中国”、“一中一台”路上越滑越远的刹车功能。此后，李登辉利用国民党，放手推行“本土化”和“台独”政策，也埋下了日后国民党失去政权的重要根源。

实行“本土化”

李登辉的目标，是要推进“本土化”，全面肃清非主流派。为此，他首先要防止在党内还有影响力、也是本省籍、并得到非主流派大佬支持的林洋港出任“行政院长”。2月9日，时任“司法院长”的林洋港被请到“总统府”，李登辉在告知已让连战出任“行政院长”的决定后，随便说了句：“反正你是要选（下一届‘总统’）的嘛！”就把林排除出局。这是因为早在1990年3月，李登辉公开表示如果他当选将“放弃连任”下届“总统”，林洋港当仁不让，宣称要在6年后参选。

赶走郝柏村、摆平林洋港，连战出台的阻力基本清除。连战出自政治世家，祖父连横有大作《台湾通史》存史，父亲连震东曾活跃台湾政坛40年。连战是留美政治学博士，32岁出任台湾大学政治系教授兼政治系主任，34岁当选为“十大杰出青年”，42岁出任中央党部副秘书长、“青辅会主任”，以后任过“交通部长”、“行政院副院长”、“外交部长”，作为蒋经国一手提拔的“青年才俊”，与沈君山、钱复、陈履安一起被称为“政坛四公子”。

1993年2月23日，连战任“行政院长”的提案在“立法院”通过，3月1日新“内阁”正式就职。此次“内阁”调整，完全由李登辉操盘，连战只不过是李登辉的一个“执行长”而已。

“连战内阁”的成立，标志着行政当局完成“本土化”。此波高层人事调整后，“五院”中唯有“监察院长”陈履安是大陆籍，“行政”、“立法”、“司法”、“考试”“四院院长”连战、刘松藩、林洋港、邱创焕全部为台籍人士。连战成为国民党逃到台湾40余年来第一位台籍“行政院长”，这样国民党主席和“总统”为同一人，国民党中央党部秘书长、“行政院长”已经全由台籍人士出任。尽管在本届“内阁”中，外省籍仍占20人，本省籍占17人，但从重要“部会”大多由本省籍掌握的情况看，标志着大陆籍势力与本土势力的力量消长对比发生了根本性的逆转和变化，台籍本土势力全面执掌台湾政权的新时期来临。

政府系统“本土化”的完成，导致非主流派退出了行政系统，但不等于双方就此停止政治斗争。1993年8月，国民党要召开第十四次代表大会，两派都不会放过此次进行较量的最佳时机。会议筹备过程中发生两大激烈争论，一是关于“扩大当然党代表案”，二是关于“国民党党章修改案”，并且在第十四次代表大会的召开过程中激烈交锋。

1993年8月16日到22日，国民党第十四次代表大会在台北召开。此次会议是在“宪政改革”实施3年、政党政治不断完善的情况下，在国民党面临分裂的危机中召开的。会议对国民党党章进行了重大修改，把国民党的属性由“革命政党”改为“具有革命精神的民主政党”，规定党代表任期4年，“全代会”每2年举行一次，增设副主席，“当然党代表”法制化，主席实行票选和任期制。会议选举李登辉为主席；同意他提名的“副总统”李元簇、“总统府资政”郝柏村、“司法院长”林洋港、“行政院长”连战为副主席。8月22日，大会举行闭幕式。

第十四次代表大会开得并不平稳，整个过程暗潮汹涌、变幻莫测。第十四次代表大会的召开，标志着“后蒋经国时期”全面结束，国民党内成功地实现了权力决策阶层的替换；标志着非主流派已失去在党内大规模抗争的实力；标志着国民党“本土化”基本完成。在李登辉看来，从组织、人事上，他已经对“外来政权”国民党进行了初步整顿。从此，李登辉公开纵容“台独”势力，与民进党同流合污，公然鼓吹“两国论”、“一边一国论”，在分裂中国的道路上越走越远，最终导致国民党在2000台湾地区领导人的选举中惨败，失去了在台湾地区执掌51年的政权，使国民党这个有着近百年历史的“老店”陷入崩溃的边缘。