这一天，“总统府”发出新闻稿表示，李登辉已决定召开“国是会议”以处理宪政体制与政治改革的问题，并制定改革时间表。这是统治者对三月学运之四大诉求首次的正面回应。代表军方的“参谋总长”也公开肯定学生的抗议是爱国行动，并建议学生尽早结束静坐行动。稍后，“警政署”、“教育部”、各校校长开始呼吁学生尽速返校上课。

3月21日，“国民大会”选举同意李登辉连任“总统”六年，这也是“国民大会”所选出的最后一届“总统”。李登辉决定于下午3时，在“总统府”接见学生代表。静坐学生透过各校讨论的机制，形成与李登辉会面的要求共识：必须讨论中止“动员戡乱时期”、废除临时条款、“国会”全面改选、并订定政经改革时间表。如李登辉明确同意以上要求，即结束静坐活动，学生将对政治大事的发展继续保持高度关切。若不能对上述要求作肯定的答复，将坚持原则、持续抗争。

学生代表在与李登辉会面后回到广场，广场上的学生在看过双方会面的录像带后分校讨论。最后，校际会议以22：1的压倒性投票数，决议于22日早上宣布撤离广场。3月22日早晨，指挥中心正式宣布撤退声明：《追求民主、永不懈怠》，各地学生陆续撤出广场，结束为期六天的三月野百合学运。

在这次学生运动后，李登辉依照其对学生的承诺推行“宪政改革”，在1991年废除“动员戡乱时期临时条款”，并结束所谓“万年国会”的运作，台湾的民主化工程进入新的时代。

1990年6月台“大法官会议”决定，在国民大会、立法院以及其他政府机构内所有的无限期留任代表必须从1991年12月起退休。新的国民大会在1991年选举产生，共有325名国大代表。大部分代表是直接民选产生，100人则是根据政党得票率按比例分配。这届国大在1994年修改了宪法，通过修宪案允许总统直接民选，为1996年3月举行的总统、副总统直选铺路。国民大会依然拥有修宪、弹劾总统、副总统等权力。

1994年，“国民大会”通过“总统”直选方案后，“立法院”也在同一年通过“省县自治法与直辖市自治法”，允许“台湾省省长”以及台北、高雄“直辖市市长”直选（“福建省主席”仍然维持官派）。

2000年4月，“国大代表”投票决定，这届“国大”结束后不再举行选举，仅在需要时才会选举并重新开会。修宪后“国大”的大部分职责已经转交“立法院”，其中也包括了“弹劾总统”的权力。2004年“立法院”通过修宪提案拟将“国民大会”废除，此提案经2005年“国民大会”决议通过后，“国民大会”已完全走入历史。