2000年3月，“东突解放组织”在吉尔吉斯斯坦枪杀了拒绝与其合作的吉尔吉斯斯坦“维吾尔青年联盟”主席尼合买提·波萨科夫。

2000年5月，境外“维吾尔解放组织”，为筹集资金，在吉尔吉斯斯坦绑架了一新疆商人，勒索10万美金，并杀害了该商人的侄子，之后又纵火焚烧了比什凯克中国商品市场。5月25日，“东突”恐怖分子袭击了新疆人民政府赴吉尔吉斯斯坦处理纵火、绑架案的工作组，造成1人死亡、2人受伤。行凶后，恐怖分子潜逃至哈萨克斯坦，并于同年9月，在阿拉木图市杀害了2名调查此案的哈萨克斯坦警察。

2001年2月3日，“东突”恐怖分子杀害喀什地区疏附县法院干部买买提江·亚库甫。

2001年8月，“维吾尔圣战组织”使用自动武器袭击新疆库车县公安局，库车县公安局党委书记兼局长陈平牺牲，另有7名公安人员受伤。在瑞士的“东土耳其斯坦信息中心”发言人迪里夏提宣称此事件的目的，是对此前新疆自治区领导人向香港商人访问团承诺“在新疆投资不会受到民族问题影响”的回应。

在此期间，“东突”恐怖组织为了培训骨干，还在新疆境内一些偏僻地区建立秘密训练基地。如1990年“伊斯兰改革者党突击队”在叶城县伯西热克乡建立了训练基地，该基地先后举办3期训练班，共培训了60余名恐怖分子，训练内容包括宗教极端主义和恐怖主义理论，爆炸、暗杀等恐怖活动的技能，体能训练等。就是这些经过训练的恐怖分子参与了1991年至1993年在新疆各地的爆炸、暗杀、抢劫等重大恐怖活动。

1998年2月，境外“东突厥斯坦伊斯兰运动”头目艾山·买合苏木派遣数十名恐怖分子入境，在新疆和内地一些偏僻地方建立了10多处训练基地，共对 150多人进行了爆炸技术培训。同时按照境外提供的配方，大量购置化学原料，秘密制造炸药和爆炸装置。新疆警方于1998年9月在乌鲁木齐火车北站一仓库里，一次就缴获制爆化学原料20多种300多箱，总重量达6吨。除了上述比较集中的培训外，还有大量零散的，3至5人一组的小训练点。一些训练点同时也是武器、弹药和爆炸装置的制造窝点。新疆警方在打击恐怖活动过程中，查获了许多地下恐怖训练点和武器弹药制造工场，收缴了大量的手雷、手榴弹、雷管、枪支、弹药等。