1886年8月1日北洋舰队抵达长崎港，长崎人对欧美军舰早已司空见惯，但来自中国的铁甲巨舰却还是首次目睹，因此码头上挤满了看热闹的人群。望着龙旗高扬、威风凛凛的巨舰，市民中夹杂着惊叹、羡慕、愤懑等复杂的情绪，这些情绪伴随着日本朝野长期宣传的军国主义思想最终酿成一场骚乱。8月13日中国水兵上岸购物，个别水兵则跑到妓院嫖娼而与当地警察发生冲突，造成1名日本警察受重伤，1名中国水兵受轻伤。

当时《长崎快报》报道说：“有一群带有醉意的水兵前往长崎一家妓馆寻乐，因为发生纠纷，馆主前往警察局报告。一日警至，已顺利将纠纷平静，但由于中国水兵不服，不久乃有6人前往派出所论理。非常激动，大吵大闹，引起冲突。日警1人旋被刺伤，而肇事的水兵也被拘捕，其他水兵则皆逃逸。”

英国驻长崎领事在一份报告中则称：“有一中国水兵与妓馆的仆人在街上争吵，警察前来干预，水兵遂将之刺伤，但那水兵也受了轻伤。”李鸿章后来也承认：“争杀肇自妓楼，约束之疏，万无可辞”，但又说：“弁兵登岸为狭邪游生事，亦系恒情。即为统将约束不严，尚非不可当之重咎，自不必过为急饰也。”“武人好色，乃其天性，但能贪慕功名，自然就我绳尺”，对水兵的违纪行为表现出一种宽容。在李鸿章看来，在当时嫖妓引起的冲突只能算是小事，但事态很快被扩大了。

15日舰队放假数百水兵上街观光，丁汝昌鉴于前日的冲突严饬水兵不许带械滋事，但在广马场外租界和华侨居住区一带水兵遭到日本警察有预谋的袭击又发生大规模冲突，结果双方死伤80余人，其中中方水兵死亡人数多于日本。

当时数百名日本警察将各街道两头堵塞，围住手无寸铁的中国水兵挥刀砍杀。当地居民在歹徒煽动下从楼上往下浇沸水、掷石块，甚至有人手拿刀棍参与混战。中国水兵猝不及防，又散布各街，结果吃了大亏，被打死5名，重伤6名，轻伤38名，失踪5名。日本警察被打死1名，伤30名，此外当地市民负伤多名。