与此同时，中国共产党也密切关注着杨杰到港的处境。9月18日，杨杰接到在香港的中共秘密组织转来的通知，告诉他，已经买好了到北平的飞机票，让他准备一下，马上离港赴平。

19日上午，叶翔之带上特务韩世昌敲开了杨杰在香港居所的门，要女佣通报，说他们是李宗理先生派来的，并有李先生的亲笔信，要当面交给杨杰先生。

杨杰当时正在四楼平台纳凉，等待与中共接头，听说是好友李宗理派来的人，未加警惕，遂亲自出来迎接。韩世昌趁杨杰低头聚精会神地看信之际，用手枪对准杨杰的头部连开两枪。杨杰中弹后当场身亡,年仅61岁。就这样，这位中国现代史上著名的军事家、反蒋反内战的民主斗士，没有死在枪林弹雨的战场上，却死在蒋介石的暗杀中，成为中国人民政治协商会议第一届全体会议代表名单中唯一加黑框的代表。

事情发生仅隔两天，中国人民政治协商会议在北平隆重开幕。在大会的开幕式上，周恩来在报告参加大会人员情况时，特别向与会代表正式宣告了杨杰遇难的不幸消息：“特许列席代表中的杨杰将军已不幸于9月19日在香港途中遭国民党特务暗害”。接着，全体代表一致通过了中国共产党代表团的临时动议，由中国人民政治协商会议主席团以大会名义，向中国国民党革命委员会和杨杰的家属致电吊唁，揭露了杨杰的死因，并给予杨杰高度的评价：“惊悉杨杰将军在由滇飞港来平出席中国人民政治协商会议的途中，惨遭国民党匪帮用最卑劣的手段加以暗杀。本会议全体同仁无不痛悼。杨杰将军多年来为民主事业奋斗，久为反动派所深忌，于今竟遭惨祸。本会议全体同仁，除一致决议向贵会表示哀悼外，深信杨杰将军的死，将会更加激励全国人民，一致努力，把革命进行到底，彻底消灭国民党反动派及其主子美帝国主义在中国的最后残余统治，建立崭新的中国，以慰先烈，而安生者，谨电致唁！”

中国共产党不会忘记曾经与自己共同奋斗的朋友。1950年，人民政府通过各种渠道，将杨杰的骨灰从香港运回昆明，安葬在西山，国家副主席李济深为墓碑题了词。1982年6月5日，民政部追认杨杰为革命烈士。（党史纵览）