明末，当李自成的农民起义军摧毁明朝时，盘踞在中国东北部的另一个少数民族--女真族早已对中原虎视眈眈，趁农民起义军立足未稳，勾结吴三贵杀入关内，建立了满清。从清初开始，先是努尔哈赤，后是皇太极，逐渐征服蒙古诸部，皇太极灭“后元”后，得到了“元传玉玺”，并据此立国。从清朝以后，内外蒙古皆正式纳入中国版图，受中央政府管辖。

至清晚期，西方兴起，腐朽堕落的满清朝廷逐渐衰微，外强入侵中国。北方的沙俄先后占去黑龙江以北、新疆以西的大片领土，累计吞并中国150多万平方公里土地，接着更把魔爪伸向中亚大陆内这块地广人稀的大草原。

鸦片战争后，西方文明更加突飞猛进，而大清帝国仍然封闭在一个腐败无能的酱缸内，闭关锁国，死硬地拒绝对外开放，于是中国开始衰落凋敝，江河日下。到了晚清，西方先进的民主与科学给封闭的中国带来更强烈震撼冲击，愚昧保守的满清朝庭除了搞些空洞形式外，仍顽固拒绝真正改革，终于把人民逼上梁山，引起破坏性的“暴力革命”。

1911年，武昌爆发武装起义，引发了“多米诺骨牌”效应。中国各省纷纷响应，宣布独立，摆脱清政府的统治。外蒙古同中国其它各省一样，在王公贵族的带领下宣布独立。从混乱和废墟上通过暴力革命建立起来的中华民国，不久就进入了混乱的军阀割据时代。蒙古的独立运动就是在这一时期开始的。

当武昌起义后宣布独立的中国各省开始为重新统一、建立“中华民国”而开展各种政治活动的时候，外蒙古脱离了这一进程，开始酝酿“独立建国”。外蒙与其它省份不同，当时北方那个处心积虑妄图瓜分中国的沙俄，经过多年的经营、分化、瓦解，已在政治上、经济上和军事上完全操纵了外蒙古。事实上，外蒙古已经变成了沙俄的保护国。民国统计:整个蒙古族共有近240旗，其中外蒙占108旗。外蒙古独立将拉走近一半的旗，和150多万平方公里辽阔土地，形成一个世界最大的内陆“国家”。由于所处的特殊地理位置，它的分裂形同把中国拦腰斩断。

中华民国的政权由孙中山转到袁世凯的手中后，开始了与沙俄的艰苦谈判。俗话说:弱国无外交。刚刚建国不久的中华民国，国力之弱可想而知。但中国的外交官们做出了极大努力，终于迫使沙俄做出让步，承认外蒙是中国的领土，条件是在外蒙古实行“自治”。也就是说外蒙古在名义上仍属中国，实际上外蒙古的内政与外交还是掌握在沙俄的手中。不管怎样，在当时的情况下得到这种结果已实属不易。以卖国复辟著称于世的袁世凯总算没有丢掉外蒙古。

1918年，俄国爆发了十月革命，沙俄政府被苏俄推翻。这时的“自治蒙古”也就失去了主子。苏俄红军不断向西伯利亚挺进，使“自治蒙古”感到危胁日益临近，坐卧不安。于是他们开始与中国进行取消“自治蒙古”、重新回到中国怀抱的谈判，不过谈判进程缓慢而艰难。

1919年，主掌中国政局的段祺瑞政府派出得力干将徐树铮，率兵进入外蒙古，接替了当时正与外蒙古进行和平谈判的陈毅将军(当时和平谈判已近成功)，立即用铁腕政策迫使外蒙古放弃自治，外蒙古重新回归中国。但是，这种毫不留情的铁腕政策却使中国失去了外蒙古上层王公的人心，为蒙古后来的分离埋下了祸根。

到了1920年，皖系军阀段祺瑞下台，外蒙古也进入混乱状态。被苏俄红军赶到外蒙古的沙俄恩琴白匪勾结外蒙古上层王公，向中国驻军发难。中国驻军寡不敌众，被迫撤离库伦(今乌兰巴托)，一部分返回内地，一部分转移到买卖城，准备再战。

俄国的十月革命，也传染到外蒙古大草原。在苏俄的支持下，牧民出身的苏黑巴托尔和乔巴山组建了蒙古人民党。1921年，蒙古人民党的军队在苏俄的大量武器装备援助下，开始向买卖城的中国军队进攻。中国军队内外交困，无心恋战，节节战败，被迫撤出买卖城。从此中国军队再没有进入外蒙古。

1921年3月19日，蒙古人民党领导的“蒙古临时人民政府”宣布成立。这与在库伦的蒙古上层王公和恩琴俄国“白匪”形成了对立，并展开战斗。由于实力相差悬殊，蒙古人民党邀请苏联红军入蒙参战。1921年5月，苏联红军进入外蒙古，在买卖城外打败了恩琴的军队，挽救了危在旦夕的蒙古人民军。随即于7月占领了库伦。7月10日，蒙古上层王公与蒙古人民党共同组建了“蒙古人民革命政府”。