金允植回国以后积极参加朝鲜的各种洋务活动，先是被任命为经国事务衙门、通商事务衙门协办，后来任外部大臣，掌管朝鲜的外交。金允植参与并推进了朝鲜许多方面的现代化制度设计。如创立了机器局、现代海关，参与了外交、外贸、军队、会计等多种制度的建设。

1884年，高宗宣布朝鲜独立，不再向清王朝朝贡。1897年10月，高宗登基称帝，国号为“大韩帝国”。1908年7月到9月，金允植陪同英亲王访问日本。1910年，日本帝国主义吞并朝鲜，把朝鲜高宗皇帝封为“德寿宫太王”，同时为总督府的重要官员封爵。金允植被封为子爵，同年作为最早加入日本学士院的朝鲜人，被选为院士。金允植于1922年病逝。

和李鸿章一样，金允植在自己的祖国也是个很有争议的人物。有韩国学者认为，金允植是一个处于特定历史阶段的封建文人，最终倒向日本，成为亲日派。这样的污点是金允植永远无法洗清的。近几年来，越来越多的人认为金允植不仅是韩国现代化建设的先驱人物，在面对日本军国主义侵略时，也充分表现出了朝鲜民族的不屈气节。他不仅坚决反对日本的吞并，后来还自认为是“亡国大夫”，称病闭门不出。

金允植的天津来往日记，是他还没有亲日思想倾向时期的记录。在与李鸿章等中国洋务派领袖的对话里，金允植反复指出，朝鲜与中国都要提防日本军国主义的侵略野心。