北京各校，以北京大学校长蔡元培为进步，认为学生爱国运动，热忱可嘉，应当维护而不应加以摧残，对于被捕学生积极进行营救。其它各校长，惟蔡的马首是瞻，也协力一致营救。军阀政府受到全国各方面的压力，乃于五月七日把捕去的学生全数释放。在释放学生之先，军警当局要各校长担保释放的学生以后要随传随到，不得违误。国立八校中，以工专校长洪(钅容)最为落后反动，他是日本高工学校毕业的，平素对学生一味压制，除死啃书本外，不许有其他活动，校中连体育活动球类都没有，真是死气沉沉。五四是星期天，学生持校旗参加游行运动，第二天还受到洪的谴责，认为是违法乱纪，并责备不应把校旗抬着去。同学夏秀峰激动的说:“这是工校的光荣。”洪向夏追问你是何人？名叫什么？大家同学高喊:“这是我们全体同学的一致行动，是我们的良心所驱使，只有亲日派卖国贼才说我们是违法乱纪。”洪乃面红耳赤而退。七日，洪与其他校长去保释工校被捕同学董望翘、李更新二人，先在校中集合全体同学讲话，再三叮嘱以后要遵守纪律，不再有轨外行动，并望劝告董、李两同学保释出来后，切勿离开北京，以免今后军警传讯时无法交人。全体同学坚决保证董、李两同学释放后决不会离开北京。洪乃放心去保。由此可知军阀政府虽然释放被捕学生，并不是就从此无事。

五四运动的第二天，各校学生代表在北京大学开紧急会议，除议决各校即日罢课要求释放被捕同学外，并讨论北京中等以上学校学生联合会的组织，作为指导学生爱国运动的永久机构。当即推定北大和高师代表草拟组织大纲于六日提交各校学生代表会议通过，北京中等以上学校学生联合会，当即于是日宣告成立。学生联合会组织主要分两部分:一是评议部，负决议一切进行事项的责任，一是干事部，负办理评议部所议决一切进行事项的责任。评议部的评议员，由每校推出代表二人组织。干事部则委托北大的学生干事会代为办理，这样干事部执行评议部议决事件也较为便利迅速。北京学生联合会组成后，对于指导学生爱国运动，起到了积极的作用。同时各校也成立了一个学生干事会，健全了组织。

蔡元培任北京大学校长，主张自由思想，对新旧各派，采取“兼包并容”的办法，北大教授中有倾向社会主义的李大钊、陈独秀等，也有极端守旧的辜鸿铭等。他同情社会主义思潮，提倡“平民教育”，使人人都有受教育的机会。他并主张“劳工神圣”，曾在天安门演讲说:“此次世界大战，协约国竟得最后胜利，……但是四万万同胞直接加入的，除了在法国的十五万华工，还有什么人，这不算怪事，此后的世界，全是劳工的世界呵！”在当时，对军阀官僚的封建斗争和社会主义新文化思想的萌芽，他是起到一些促进和保护作用的。五四运动时，各校学生代表的活动，多以北大为集会场所，而北大学生在运动中，又居于主动地位，因此，安福系军阀认为蔡是五四运动的主使者，对蔡极为不满。五月九日，北京政府的总统徐世昌，有将滋事学生送交法庭依法办理的命令，而有关军警法院机关，跟着即传讯释放的学生，企图追究五四运动的策划主使人。蔡认为北京军阀政府，毫无悔改的诚意，事已不可为，即于当日秘密离京南行。蔡行前极为秘密，北大教职员和学生多不知情，及知蔡被迫出走，北京教界都大为愤慨！一致请求挽留，但蔡去志坚决，已无法挽回。

五月九日后，北洋军阀政府派有大量武装军警到各学校监视，并命令学校禁止学生进行爱国活动。对于亲日派卖国贼曹、陆、章三人不惟不加惩处，反而在他们的辞呈上大加奖勉，说曹汝霖是迭任交通、外交、财政总次长“公忠体国”，陆宗舆、章宗祥是先后任驻日公使“有裨大局”的一些故意违反人民公意的话而加以慰留。北京学生对于军阀政府这些倒行逆施反人民的做法，极为愤怒，当即由学生联合会议决于五月十九日各校同时宣告全体罢课，并向全国各团体各报馆发出罢课宣言。同时向反动政府提出罢免曹、陆、章等卖国贼，以谢国人，撤除监视学生的军警，巴黎和会有关山东青岛问题决不许签字等项要求。自十九日起，各校学生组织演讲队和文字宣传，出发在北京城所有街道胡同以及公园各娱乐场所宣传讲演，尽情揭露日本帝国主义先后对中国的恶毒侵略和无理强占我国山东青岛的各种权利，对于军阀政府勾结日人的卖国罪恶行为，也加以揭发，并劝告群众不买日货，提倡国货。广大群众听后，深为感动，引起对日本帝国主义和军阀政府的深刻仇恨。

北京学生自十九日起总罪课后，反动政府对于学生的种种活动，无不加以干涉，所有散发传单，露天演讲，都被军警驱散群众，严厉取缔禁止。学生联合会开会地点随时变动，一经查觉，也被强迫解散。五月下旬，教育部命令各学校限三日内恢复上课，如不遵照，将采取严厉镇压来加以恐吓。学生置之不理。露天演讲既被军警横加干涉制止，无法活动，学生乃改变方式，采取三人或五人一组，以贩卖国货为名，出入各公园娱乐场所以及茶楼酒馆，乘机宣传活动，也收到一定的效果。五月底反动政府为分散学生势力起见，各校除应届毕业的学生举行毕业考试外，其他学生提前放暑假。但各校学生并不受骗，仍团结一致继续奋斗。