到光绪三十一年（1905年），制造局造船的部门独立，称作江南船坞，辛亥革命后又改称江南造船所。江南制造局本身也于1917年改称上海兵工厂，于1937年停办。日军占领上海后，将其场地和机械并入江南造船所。江南造船所至1953年，又更名为江南造船厂，1967年搬到高昌庙镇，扩充设备，建有机器厂、洋枪楼、汽炉(锅炉)厂、铸造厂、轮船厂等。占地70余亩。至80年代又相继建成炮弹厂、水雷厂、炼钢厂、栗色火药厂、无烟火药厂等。1996年改为江南造船有限责任公司，属于中国船舶工业集团公司。

2001年，上海市申办2008年世界博览会成功后，由于江南造船(集团)公司厂区正处于世博会址的核心区域，也为谋求自身发展战略，中船集团公司与上海市政府签署了关于建设中船长兴造船基地的框架协议，积极推进江南厂整体搬迁及中船长兴造船基地建设。自2005年6月3日起，江南造船(集团)公司开始向长兴岛造船基地的整体搬迁。2008年6月3日，随着长兴造船基地一期提前竣工，中国最大造船基地在长兴岛诞生。长兴岛，依长江、濒东海，面积80平方公里，具有59公里长年不淤、不积、不冻的深水岸线，是一块造船宝地。

中船长兴造船基地就位于长兴岛的东南端，一期工程占地面积560公顷，使用岸线3.8公里，建造4个船坞，形成年生产能力450万载重吨。

在2008年6月3日的庆典上，全国人大常委会委员长吴邦国、国家副主席习近平、国务院副总理张德江等发来贺信，勉励江南造船(集团)公司继续弘扬"爱国奉献、求实创新"的江南精神，抓住企业搬迁机遇，在长兴岛这个更广阔的舞台上谱写民族工业和船舶工业发展新篇章。