日内瓦这个几十年已习惯于瑞士式自由的共和城市，怎么能容忍这独裁统治呢？其中的秘密就是古往今来独裁者都用的办法——“恐怖”。将恐怖强加于一个制度，就会瓦解人的意志，使胆怯成为普遍存在。独裁者就能在各处找到帮凶，因为当一个人一旦知道他被人怀疑，从而形成群众性的焦虑。而一种群众性的焦虑情绪，会传染给最勇敢者。最坚强的意志因斗争无效而瓦解。在恐慌之中，狂热者的行为往往超出他的暴君的命令和禁令。加尔文承认，他宁愿一个无罪者受到折磨，也不愿让一个罪人逃脱上帝的审判。加尔文宣称，要绞死一千七百或一千八百个日内瓦青年，道德和教规才能在这腐败的城市建立起来。这样在他统治的头五年里，在一个小小的日内瓦，就绞死十三人，斩首十人，烧死三十五人，赶出家门的七十六人，为躲避恐怖而逃跑的人还不在内。所以巴尔扎克说，“加尔文的宗教恐怖统治比法国革命最坏的血洗还要可憎”。

在被迫害者之中，有两个人需要特别予以说明，一个是西班牙医生和神学家米圭尔·塞维特斯。他虽然不是第一流天才，也不是有超人智力的人，但他要求把真理公诸于众的强烈愿望和他那寻根究底不知疲倦永远准备战斗的精神，使他把对基督教教义的改革作为他终生的追求。但是塞维特斯盲目地把加尔文作为他信得过的神学家和老朋友，并轻率地将自己尚未出版的一本神学书的校样送给了加尔文，希望这位勇敢和革命的宗教革新者，能赞同他更大胆地对《圣经》进行解释。可是恰恰由于这本书的题目《基督教的恢复》就足以激怒加尔文。因为他要用《基督教的恢复》来抗议和纠正加尔文的《基督教原理》。加尔文巧妙地利用了朋友的盲目和轻率，将一位终生不渝信奉基督的老朋友送上断头台。他用告密者的诡计，假手他的敌人罗马天主教宗教法庭将其逮捕杀害，但罗马天主教认为为了取悦于日内瓦异端头子，而杀害一个不重要的异端分子，是不值得的。于是故意让犯人越狱，只将其模拟像及其五大箱《基督教的恢复》，在维也那市场焚烧以代替活的塞维特斯。

但是，这位不幸的流亡者，作出了更愚蠢、更富有挑战性的事，他在逃出监狱四个月之后，鬼使神差地来到了日内瓦，而且直奔加尔文作布道的教堂。加尔文一眼就认出了他，于是在他刚离开教堂就被逮捕。一小时内他就被锁了起来。这一次他是死定了，加尔文抛去一切伪装，赤膊上阵，从逮捕到处死仅仅两个月时间。一五五三年十月二十七日，米圭尔·塞维特斯被绑赴查佩尔广场，连同他的手稿和印就的卷帙也一起烧掉。在行刑前，他匍匐膝行，恳请恩赐，先杀头，然后再用火烧掉身体，“否则，那最大的痛苦会驱使我抛弃我终身的信念”。就在这时，加尔文的鹰犬法里尔上前劝说，“如果你放弃反对三位一体（“三位一体说”系:父、子、圣灵三个位格一体的基督教教义）的教诲，承认加尔文的教义是惟一正确的，就可以保证给你一个较宽大的处决方式”。然而他却轻蔑的拒绝了这一建议，昂首走向火刑柱。一位虔诚的基督教徒就这样被活活烧死！

另一个是法国人塞巴斯蒂安·卡斯特利奥。他一五一五年生于法国，比加尔文小六岁。二十岁进入里昂大学，在那里精通了拉丁语、希腊语和希伯莱语，接着又学会了德语。在所有学术领域，他的热情和运用能力是这样的杰出，以致人道主义者的神学家们一致投票认为他是当时最有学问的人，成为一个有“百科全书之称”的人。音乐吸引着他，而且就是靠教音乐课才开始挣得菲薄的收入，又写了大量诗歌和散文。不久，解决当代问题尤其是宗教改革的热情又支配着他。在里昂，他第一次看到把异端人物用火烧死，他的灵魂受到震动，一方面是宗教法庭的残酷，另一方面是被牺牲者的勇气。从此，他决心为新的教义而斗争。

和塞维特斯一样，卡斯特利奥也把加尔文当成宗教改革的先驱和福音派教义的旗手。希望向加尔文学习怎样更好地表达他们的要求，怎样更明确地安排他们的道路，怎样完成他们的事业。作为一个信徒，而且是一个热诚的信徒，卡斯特利奥首站到达加尔文的住地斯特拉斯堡访问加尔文。在初次的接触中，卡斯特利奥给加尔文留下极深的印象。在加尔文重返日内瓦之后，卡斯特利奥被聘为日内瓦神学院院长。在此期间，他不但教学获得了成功，而且编写了一本《难题解答入门》的小册子，这是世界上很有名气的一本书。几世纪来，该书一版再版，至少印了四十七版。但他有更高的目标，在宗教改革上要重复并超过伊拉兹马斯和路德。他要把全部《圣经》翻译成拉丁文和法文。但这件事一开始便遇到对抗，要出版没有加尔文的“出版许可”是不行的。因为加尔文不但是日内瓦心理上和精神事务方面的总裁，而且是日内瓦至高无上的独裁者。

卡斯特利奥访问了加尔文，这是一个神学家为得到同行的许可而叩另一个神学家的门。但令加尔文恼火的是，他竟不承认经加尔文批准，并且是它的共同作者和写了序言的法文《圣经》译本是惟一钦定的法文译本，而要出版自己的新译本。加尔文好不容易没有露出愠色，而提出了一个先决条件，让他先读译本，并对不合适的部分作出修改后准予发给出版许可。

虽然卡斯特利奥从来不像加尔文经常做的那样，宣称自己的意见是惟一正确的，他在该书的序言里坦率地承认他并不全部了解《圣经》的章节，提醒读者不要过分相信他的译本。又说《圣经》是一部晦涩难解的书，充满了矛盾，新译本所能提供的，不过是一种解释，而不是毫无疑义的真理。但是，他把自己的个人独立同样看作是无价之宝。他知道，作为一个希伯莱语言学家，一个希腊语言学家，一个有学问的人，他并不逊于加尔文，因而把这玄虚的检查制度，以及根据独裁要求去加工“提高”看作是背离。在一个自由的共和国里，学者与学者，神学家与神学家应当平起平坐，他不想作为学生屈居在加尔文之下，或者允许他的著作像学校教师批改练习那样被删改。但他希望找出一条摆脱窘境的路，而不开罪于他非常尊敬的加尔文。他愿意在加尔文认为合适的时间，去为他朗读原稿，并宣称准备尽一切可能从加尔文的忠告和建议中得益。但是，加尔文反对协商和妥协。他不提建议，只是命令，直截了当地拒绝了卡斯特利奥的建议。

第一次交锋，加尔文认识到卡斯特利奥在精神和宗教事务上不会不置一辞而屈服。意识到此人是他独裁的永无休止的敌手。所以，从这一刻起，加尔文决定要抓住这个机会赶走那只为自己的良心服务而不服从别人命令的人。加尔文对卡斯特利奥的迫害开始了。迫害经历了两个阶段，第一阶段是“驱逐出境”，第二阶段是“彻底消灭”。

一五四三年十二月十五日日内瓦市政会通过一项一致同意的决议，任命卡斯特利奥为新教传教士。这一任命立即遭到了加尔文的反对。理由是卡斯的《圣经》译本中，有两段与加尔文的有些不同。一是他认为《圣经》中所赞美的女子——书拉密的赞美诗，不是神圣的而是一首不圣洁的世俗情诗；二是对耶稣降入地狱的解释与加尔文不同。对于如此无关宏旨的分歧，市政会要求双方进行公开辩论，以求解决。在会上卡斯特利奥猛烈地攻击使加尔文大为惊诧。但他保持平静，没有反击。一方面加尔文是一个现实主义者，懂得克制；另一方面他注意到卡斯特利奥的发言对到会者有何等的印象，反击是不合适的。