第二种说法，南京大屠杀的确发生过，但死亡人数值得重新计算。

这是目前日本市场比较大的一种观点，包括日本的历史教科书，也取消了一直以来"死亡三十万人"的内容。事实上对南京大屠杀的报道，日本并不是战后才开始的。讲演通讯社的《野战邮便旗》杂志最早曾在1941年2月10日描述了在南京日军曾经进行的大屠杀，并称这是为了"威慑敌人，促使蒋政府放弃抵抗"。然而，日方颇有舆论认为，中方认定的南京大屠杀造成30万人死亡的数目太大，实际死亡人数低于此。如早稻田大学教授洞富雄曾在1982年发表的《南京大屠杀》一文中考证当时南京民间掩埋尸体约四万余，崇善会堂等慈善机构掩埋的遗体十五万五千，并据此推测当时死亡人数为约二十万人。日方并经常引用东京审判判决中关于南京大屠杀的内容--"占领南京的一个月期间，共计杀害战俘三万人，包含男女儿童的非战斗员一万二千人，周边居民两万。同时，近郊的难民有五万七千人被证明因虐杀和饥饿而死。"由于这只是部分地区的统计结果，东京审判法庭推定南京大屠杀"死亡二十万人"。日方较多人认为大屠杀实际死亡人数在数万人，因为1938年3月9日《大公报》曾发表文章，称南京大屠杀死者6－7万。甚至有的日本人认为南京大屠杀死亡人数仅仅数千人，因为拉贝日记中写过这样的话:"放下武器逃入安全区的中国兵被搜捕，以数千人为单位有组织地处死"，他们显然没有理解"为单位"的含义。此外，曾任当时日本大使馆参事的日高信六郎声称，当时南京市人口总计不过三十万，不可能都被杀光，所以三十万的数字不够准确。

这种观点也可说是以偏概全。首先，《大公报》1938年报道南京大屠杀时根本无法到当地考察，死亡数字属于推断，不足为凭。其次，除了掩埋的尸体外，日军承认曾将大批尸体抛入长江，或焚尸灭迹。因此，根据掩埋尸体数量统计死亡人数，应有一定缺口。至于南京人口问题，日高统计的数字仅仅是安全区内的居民，事实上大屠杀发生的地区囊括整个南京及其郊区。南京人口在战前为101万9千人，南京战役打响的11月23日，市长马超俊尚表示南京还有市民五十多万，难民二十多万。由于上海、松江、苏州等地的失陷，大批难民涌入首都南京。当时国民政府和普通民众对于日军会攻占南京普遍思想准备不足，实际日本大本营最初也不准备占领南京。而当日军大举快速进犯，由于运输工具不足，加上南京卫戍司令唐生智下令封江，大批难民只得滞留南京直到日军破城，他们的人数无法统计。由于没有当地固定户口、住处和社会关系，在此后日军追捕"败残兵"、"便衣兵"的过程中，难民是首当其冲的受害者。

17－3原日军士兵松田五郎在2001年5月提供给新闻界的日记。下面的说明记录道:松田五郎的日记记载，在12月14日一天，他所在的分队大约10个人，就杀掉了55个中国人。松田当时是日军第三师团步兵第六十八联队第二大队的士兵，在他的日记中记录了他所在的10人分队先后屠杀手无寸铁的中国人250名，以及日军强奸中国女性的经过。

南京大屠杀的遇难人数，最终恐怕还需要更多的历史考证来证实。但是，无论死亡人数是数万还是三十万，都无法改变南京确曾发生了大屠杀的事实，只是一个大屠杀的规模问题。

第三种说法，南京大屠杀是"下克上"的结果。

也就是说，南京大屠杀并非日军有组织进行，即便有组织进行，也是中下级军官擅自做主。其中主要是为当时的派遣军司令，因此被远东国际法庭判处死刑的松井石根开脱。这里面最典型的可见角良晴（南京大屠杀时为松井的副官）所著《七生赋》。在这本书中，他描述当时的情景--下关有13万中国人试图逃向对面的浦口但是无法过江，第六师团电话询问怎样处理？"中支那派遣军"参谋长勇中佐（二战末期死于冲绳）回答:"攻击。"角良晴连忙向司令官松井报告此事，松井叫来长勇，道:"13万中国人，都杀了不好吧，随他们去吧。"长勇中佐回答道:"里面可能有败兵。"松井道:"也许有溃兵吧，但放了他们可以避免我军军纪太过混乱吧。"长勇回答:"是。"但是，当第六师团第二次电话请示的时候，他还是命令:"攻击！"第二天（18日），司令官（松井）要到下关去视察。"但是，绵延两公里的道路，都是层层叠叠的尸体，地面都看不到，这种状况实在无法交待。于是，参谋长饭沼少将说道:'治安太差，无法保障安全。'推辞了这次视察。第三天（19日），参谋长命人焚烧尸体，并盖上土。第四天，司令官（松井）道:'哪怕就一个人也要去看看，准备车。'无奈之下我只好尽可能让他坐在看不到外面的地方。车子在垫了尸体的土路上艰难前进，司令官突然号哭起来。这都是下克上的恶果啊。"

按照角的说法，松井只是个被架空的大善人而已。长勇确实也曾经在1938年吹嘘过--"杀了30万人是我的命令。"然而，这明显是对松井的美化，当时日军的各部指挥官，如山田支队的指挥官山田梅二，多在日记中保留了接受命令进行大屠杀的纪录。长勇一个小小的参谋能够指挥得动那么多高级将领而松井一无所知吗？而且，松井自己的日记中也保留了与此相反的内容。在1980年关于日本教科书审定的案件中，持南京大屠杀虚构说的山田一良曾用这本日记表示松井与大屠杀无关。然而，法庭却在他出示的日记中，找到了六百多处被山田修改的痕迹！实在是欲盖弥彰。

从目前所收集到的证据看，日军参与屠杀的包括了日军第三师团、第九师团、第十六师团、第三舰队第十一战队等各个部队，而且作业娴熟，如果没有组织，令人难以置信。而是否松井下令，对改变南京大屠杀的性质毫无意义，那是日军自己的事情。