1937年抗战爆发，陈寅恪短短时间内同时承受了丧父和右眼失明的痛苦。女儿回忆，父亲放弃了右眼视网膜手术，放弃了复明的希望，因为他只想尽快离开沦陷区。

离开北平前，陈寅恪把他的藏书寄往将要去的长沙。当书到长沙，就悉数被毁于战火。他随身携带的常用书籍，亦在绕道去昆明的路上，大量被盗。他日后的学术研究，将主要依靠记忆了。

就在这样几乎没有参考书籍的情况下，陈寅恪完成了两部中古史名著——《隋唐制度渊源略论稿》和《唐代政治史述论稿》。

在四川李庄时，傅斯年为照顾陈寅恪，让邓广铭住他楼下，说陈先生若有事跺下地板，你就马上跑去。每次邓广铭跑上楼看，陈寅恪都是躺在床上呻吟，说自己的身体快不行了，快坚持不住了，但是他说，“我不写完这两稿，我不死。”

流亡途中的工作条件惊人恶劣，在挡不住风雨的茅草房里，陈寅恪就着箱子，汗流浃背地坐在小凳上写文章。为了给他补充点营养，家里养了一只母羊，他在下课后带着女儿放羊，父女闲聊着走过山间小路，那是他难得的愉悦时刻。

1944年12月12日，陈寅恪的唐代三稿中的最后一篇《元白诗笺证稿》完成了。就在这天早上，他起床后痛苦地发现：他的左眼也看不清了。他在成都的医院做了眼科手术，手术没有成功。半年后二战结束，牛津大学请他赴伦敦治疗眼疾，数月奔波，他的双目还是没能复明。

远在美国的胡适把西方医生的最后诊断结果写信告知陈寅恪。他在当天的日记中写道：“我写此信，很觉悲哀。”

57岁的陈寅恪由人搀扶着重回清华园，他已失去学者治学读书第一需要的双眼。没有人可以了解，失明对于陈寅恪是一种怎样的毁灭，因为倔强的他没有留下任何文字泄漏内心的痛楚。在学生们的记忆里，过去陈寅恪上课讲到深处，会长时间紧闭双眼，但他盲后，永远睁大着眼睛讲课，目光如炬。

1953年，病中的陈寅恪收到了学生蒋天枢寄来的长篇弹词《再生缘》，听后大受震动。尚未病愈的他用口述的方式，撰写《论再生缘》，由此开始探索明清历史和文化。