尽管疾病缠身，达尔文仍然一边坚持积累物种方面的资料，一边从事一种人们很少知道的物种——海洋甲壳动物藤壶的分类研究。此外，与莱尔以及植物学家胡克(Hooker)的交往，也使他的索居生活得到调剂。1844年，他第一次写出《物种起源》的简要提纲，胡克成为此文的第一位读者。到1854年，达尔文感觉时机成熟，他决定开始撰写一部关于物种起源的巨著，然而，这个计划最终也没有完成。

1858年，他收到华莱士(Wallace)的一封信。信中附有一篇华莱士本人撰写的一篇简短的论文，这篇论文几乎涵盖了达尔文理论的核心思想。这让达尔文又尴尬又难过。在莱尔的建议下，达尔文将自己在1844年完成的论文摘要和华莱士的论文一起交给了林耐学会，却没有受到重视。林耐学会的主席在作当年度的年终总结时说:“今年……没有什么重大发现。”

一方面怕自己20年的心血被别人抢了先机，另一方面，华莱士的论文更增加了达尔文的信心，达尔文开始着手撰写摘要性著作，这就是1859年底发表的《物种起源》。

从1860年到去世，达尔文撰写了一系列重要著作，进一步阐述了进化论的多个主题，其中包括《动物和植物在家养下的变异》、《人类的由来》，以及三本关于花卉有性繁殖的书。

由于疾病和先天的羞怯，达尔文一直远离公众生活，他从未就进化论作过公开演讲，也再没有写过比《物种起源》更通俗的读物。

达尔文对科学的贡献，在他有生之年从未得到英国皇家学会的正式承认。尽管在1864年，他被授予皇家学会最高荣誉——科普利奖章，但表彰词中却明确说到，他的贡献不包括进化论。

在宗教方面，达尔文年轻时是基督教正统教徒，逐渐转变为不可知论和怀疑论者。他自己说，这种转变是一个非常缓慢的过程，以至于他从未感到过痛苦和沮丧。然而，达尔文的宗教观从未公开表达过，也正因此，在1882年4月19日因病逝世之后，赫胥黎才放弃与虚伪势力的斗争，协助将他的灵柩送往威斯敏斯特教堂，安葬在牛顿的旁边。

达尔文的竞争对手华莱士，在面对达尔文的卓越成就时，表现出了非凡的勇气，他把自己的两本书，分别命名为《自然选择》(使用的是达尔文的术语)与《达尔文主义》。他在《自然选择》序言中，这样评价着达尔文:

我自始至终都真切地感到欣慰和满足……最终不是由我尝试去写《物种起源》。我早就权衡过自己的优势，深知自己无法胜任。……所有这些素质到达尔文身上的完美结合，使他成为当今世上最合适从事并完成这一伟大工程的人。

(本版文字均由记者洪蔚采访编写)

150年来，达尔文的“战争”

自从《物种起源》发表后，围绕着达尔文进化论的争论几乎就没有停止过。这种争议包含着科学与非科学的两个层面。

科学层面:达尔文的胜利

从科学上说，达尔文提出的由一个共同祖先进化出不同物种分支的进化理论，在较短时间内就得到了认可，但自然选择学说的命运要曲折得多，即使在科学界也是如此。实际上，人们迟迟不肯接受自然选择学说是可以理解的，因为达尔文在著作中并没有详细描述遗传机制，只是假设一个个微小的“胚芽”(gemmule)从各种组织中分裂出来，然后进入性器官进行复制，并传给下一代。

达尔文的“自然选择”理论要有以下几个前提条件，首先要有遗传变异；其次要有个体间的生存与繁殖竞争，而竞争的前提是繁殖过剩或者说资源有限；最后，他强调这种进化是渐进式的。这是达尔文理论的核心思想。

后来崛起的进化论新学说，向达尔文的自然选择理论提出了挑战，认为进化不是、至少不全是由自然选择为主导的。持这种观点的比较有代表性的是上世纪60年代日本学者木村资生提出的“中性学说”。木村资生是一位较早从事分子生物学研究的学者，他认为，进化可以由随机因素造成，并不是有目的的，分子水平的变异并没有好和坏之分，因而选择不起作用。当然木村的理论局限于分子水平，但分子和形态两个不同层次的进化仍存在一些不衔接的地方，仍然是当前进化生物学研究的薄弱环节和难题。