第二阶段:美侦察机回国问题的处理（4月11日—6月7日）

自4月1日撞机事件后，美军的EP—3侦察机一直停放在我国海南岛的机场。这架肇事飞机是当今世界最先进的电子侦察机，美国目前仅拥有10架，分别在西班牙、关岛以及美国本土的佛罗里达等地部署。该机装配有尖端电子侦察设备，是美国海军唯一的一种陆基信号情报侦察机，价值8000多万美元。因为该机价格不菲且可能藏有重要军事情报，所以4月11日美EP—3机组人员安全回国后不久，美国就急不可待地想要回间谍飞机。中方认为，这架飞机是撞毁我战斗机并导致飞行员王伟牺牲的罪魁祸首，中国方面坚决不允许这架间谍飞机飞行离境，对此的态度是要求美方将飞机拆卸后运回国内。我国外交部发言人指出，如果允许美国间谍飞机飞离中国，将严重损害中国的尊严，中国人民在感情上不能接受。此外，该机场是中国的军用机场，美国间谍飞机在那里降落，这本身就侵犯了中国的领空和领土。美方若派人来修复飞机，至少需要15名专业技术人员，工作3周左右的时间。这就等于中国向美国开放自己的军事基地，因此中方绝对不能允许。而美国却坚持以飞机飞返美国来结束整个事件，因此在中方表达自己的意见后，美方在两周的时间里并没有给予明确的答复。

5月2日上午，美国国防部接连召开两个新闻发布会，先是宣称国防部长拉姆斯菲尔德的政策事务特别助理威廉姆斯将签发备忘录，威胁决定与中国“暂停军事合作”，但随后又迅速改变了口径。

经过双方磋商，5月24日，中国外交部新闻发言人宣布，中国接受了美国的提议，允许美国将EP—3拆解后运回美国。同日，美国副总统切尼也说，EP—3侦察机很可能被拆散后装箱运回美国；美国不应该认为EP—3被拆解后运回国是一种耻辱。但5月25日，美国驻华大使馆发中美撞机事件妥善解决，美国飞机被分解运回。布消息，否定了中国外交部发言人的上述讲话，不承认中美已经就EP—3飞机的返回方式达成协议。这表明，此时双方在一些具体问题上仍然存在分歧。

6月7日，中国外交部发言人孙玉玺终于宣布，中美双方就拆运受损的美国EP—3侦察机的具体技术安排达成协议。美国五角大楼官员同日表示，美方计划将EP—3侦察机拆成机身、机尾和两个机翼4部分，然后租用俄罗斯一家航空公司的安—124远程重型运输机（该机翼展达73米，机长约70米，最大运载量可以达到120吨，是世界上所有商业使用飞机中的巨无霸）完成运返EP-3的使命。6月13日，美国开始进行EP-3的拆卸和转运工作。7月3日晚8时许EP-3由两架俄罗斯运输机运离中国，并于7月4日12点09分抵达夏威夷，撞机事件终于画上了句号。

第三阶段:赔偿问题（6月7日—8月11日）

美方机组人员和飞机返回美国后，就撞机事件向中国作出必要的赔偿，成了中美两国彻底解决该事件的最后问题。这也是一个难题，因为涉及事故责任的问题。中方要求美方向中国支付100万美元赔偿费用。虽然美国国务院发言人也曾表示，美国准备支付取回迫降海南岛的EP—3侦察机以及将它运离中国的“合理费用”，但美国众议院7月18日通过一项修正案，阻止布什政府向中国支付100万美元，以作为美国EP—3侦察机停留海南岛的机场的相关费用。8月10日，美国就中美撞机事件的有关费用作出决定，向中国方面支付34 567美元；费用将通过美国大使馆转交给中方。外交部发言人章启月在8月11日代表中国断然拒绝了美方就撞机事件赔偿问题所作的支付决定。

赔偿问题至今仍然是一个悬案，尚未解决。但是人、机一走，中美之间的危机（crisis）就缓解了。总的来看，撞机事件得到了圆满的解决，同年美国国会通过了给予中国永久最惠国待遇（PNTR）法案，布什总统如期访问了中国。中美关系并未因撞机事件而出现大波折。