郭汝瑰在解放后的历次政治运动中，曾经与许多党的干部一样，受到不同程度的冲击。在肃反运动中，因为一个教员胡乱编造假坦白交代的材料，致使郭汝瑰也被关押审查。郭汝瑰怎么也没有想到自己放弃国民党的高官厚禄，毅然投入革命阵营，反遭人诬陷为假起义的真特务。但他不管如何逼供诱供，始终不说假话。不久事情真相大白。当时任军事学院政委的钟期光上将亲自向他赔礼道谦，并且赞扬说:“在军事学院的肃反运动中，只有两个半人没有说假话，其中你是表现最好的一个。”

郭汝瑰对党忠诚，也就敢于直言。肃反运动后，一些准备转业的教员要求评军衔，怂恿郭汝瑰起草一份给国防部长彭德怀的信。郭希望党组织能接受肃反中轻信一些人作假坦白的教训，在信中写了几句尖锐的话:“一些无耻之徒，希图过关，假坦白，攀诬好人。一时满城风雨，鬼影憧憧，逼得悬梁的悬梁，投水的投水。”这封信因一些同志嫌言词过激，决定将分发征求意见的打印稿全部收回。但有个觊觎者却心怀鬼胎，把一份打印稿收藏起来。等到1957年反右派运动一来，就作为炮弹抛出来，说郭汝瑰恶毒地攻击肃反运动。加上在南京市委召开的整风会上，郭汝瑰说了:“刘邦入关，约法三章；李世民尊贤纳谏，从善如流，所以才能将政权巩固了几百年，我们要厉行民主法制，才能长治久安。”这些本来是正确的话，竟被说成“郭汝瑰攻击共产党连古代帝王都不如”。于是，一些原来是郭汝瑰部下的教员，都纷纷站出来批判他。军事学院曾准备将他划为右派，结果中央军委批示:“情节经微，不作右派处理。”郭汝瑰又逃过一劫。以极左路线发展至极端的“文化大革命”中，当时军事学院军事史料研究处的一位领导，为保护自己，装出一副极左的面目，四处张扬说“我们处成分复杂”，动员一些学员在“点鬼台”上点鬼，把副处长郭汝瑰点成“牛鬼蛇神”、“反动学术权威”，并让史料处所属六个级轮番批斗。郭汝瑰见过人硬顶挨打，觉得自挨一顿打不值，批斗时给他加上的罪名他都承认，于是就斗不下去了。军院的造反派闯入郭汝瑰住处抄家，得知他的女儿郭相慰与他们同属一派，不但没有抄家，还与她握手连称同志，弄得郭汝瑰啼笑皆非。由于造反派忙于内战，再无暇顾及郭汝瑰，在挨了一阵批斗之后，就被安排到军事学院所属的农场进行体力劳动，倒没有遭受被关押、殴打等痛苦。

早在1945年，郭汝瑰就要求恢复自己的共产党党籍。虽一时未能如愿，但他从那时起就严格按照共产党员的标准要求自己。除了奋不顾身地完成党交给的任务之外，在污浊的国民党官场中，也坚持廉洁自守。1946年他到南京任职，在四条巷租了一套普通民房居住。当时蒋经国住在三条巷，与他是近邻。一天，蒋经国到郭家探望，发现郭夫人自己在厨房做饭，端到饭桌上的只有两样素菜，不禁喟然叹息说:“要是我们的高级将领，都像郭汝瑰这样就好了。”有些人也因郭汝瑰生活如此俭朴，怀疑他是潜伏的共产党人。

四川解放后，郭汝瑰任川南交通厅长时，以热爱劳动、生活俭朴而被人称道。但是，他多次提出恢复党籍或重新入党的要求，都被上推下卸，长期搁置下来。直到中共十一届三中全会以后的1980年4月，郭汝瑰直接给中共中央组织部写信，申述自己的全部历史，反映多年的入党要求，不久他所在的中国人民解放军重庆警备区党委接到了中组部的通知:“准许郭汝瑰入党”，郭汝瑰才实现了自己的政治宿愿。1981年，成都军区党委又根据郭汝瑰的优异表现，将他评为全军区的优秀共产党员。