1959年3月10日，拉萨发生游行示威活动

1961年，人民解放军进一步对分散在昌都东南地区和林芝、拉萨、那曲接合部地区以及其他地区的残余叛乱武装展开搜剿、侦捕。一些漏网的叛乱首领、小股武装陆续被歼、投诚。平叛中，全区残余叛乱武装的许多重要首领，都纷纷投诚或投降。2月，昌都地区叛首八角喇嘛投诚；3月，申扎地区叛首保阿工投诚；6月，芒康地区叛首甲措本投诚；7月，边坝地区叛首阿旺洛桑投诚。为了争取保阿工，解放军先后派出26人次前往宣传、劝说，终于争取其投诚来归。曾经与共产党、人民政府有良好的合作共事关系的一些人，如曾任达赖喇嘛驻京办事处处长的然巴朗杰旺秋、曾任亚东下司马管理委员会主任的赤门索南班觉等人，只是在叛乱武装命令其断绝与人民政府的来往，强逼其签字参叛，否则格杀勿论，才被迫参与叛乱。参与叛乱后，他们并无多少具体活动，也不受叛乱武装的信任。对他们，在处理上就与顽固的叛首不同。如拉萨战役俘获然巴朗杰旺秋后，仅将其拘押两周，问清情况后即予释放；对战后逃往国外的赤门索南班觉，立即通过家人捎信，争取他很快投诚回归，与家人团聚。几年后，又安排然巴、赤门参加工作。对于参与叛乱后虽有具体活动，但被俘后认罪态度好、确有悔改表现者，均从轻判处，一般只监禁数年即予释放。

至1961年底，西藏地区延续近3年的武装叛乱被彻底平息，经过政治争取投诚来归者，占被解决的叛乱武装人数的42.8％；特别是1961年，占到70％以上。全区三年先后近9万卷入过叛乱行列的人员中，人民政府作为叛乱分子对待的叛首、骨干、坚决分子，只有2.3万人，人口只占全西藏2％。人民解放军认真执行军事打击、政治争取和发动群众三结合的平叛方针，使得叛乱武装的绝大部分为被俘、投降和投诚者。而被击伤者是少数，被击毙者更少。三年平叛中，人民解放军官兵也牺牲1551人、负伤1987人。他们是为了巩固祖国统一、保卫边疆安宁、支持西藏百万农奴翻身的崇高事业而牺牲、负伤的。西藏人民至今仍然纪念他们。