棘手的事还在后头。高宗传下密旨给岳飞，要他血洗虔城，为隆佑太后在虔城受“震惊”泄愤。岳飞接到密旨，认为无辜之民又有何罪？他拒不执行，上书高宗:“请诛首恶，而赦胁从。”高宗恶狠狠地批复:“不许！”岳飞再次上书，高宗置之不理。岳飞继续上书，坚持己见，高宗不得已让岳飞自己裁决。岳飞把彭铁大、李动天等农民起义领袖杀害了，但保住了虔城居民不受屠戮。赣州人民为感念岳飞拒旨屠城的恩德，绘岳飞像挂在家中以作纪念。八年后，岳飞被害，每逢他的忌日，当地人民则为他施舍钱、饭给寺庙，请和尚为岳飞超度。

七月中旬，平定了吉、虔的农民起义后和，岳飞被高宗催促“赴行在”。岳飞同长子岳云从九江出发，九月九日到达杭州，十叁日岳飞第一次觐见皇帝。高宗赐给岳飞金线战袍、金带手刀、银缠枪，一匹战马外配海皮鞍，还有衣甲、弓箭、马铠各一副。还特赐岳飞一面绣着高宗手书“精忠岳飞”四字的旗子，令岳飞在行军时务必树起。这既是对岳飞数年来所立战功的嘉奖，也是对岳飞尚有抗旨行为，未能完全尽忠于高宗的鞭策。岳飞的官衔转为镇南军承宣使、江西沿江制置使。不久迁为江南西路舒蕲州制置使，在江州置司，独立建置帅府。划归岳飞军事防守的范围扩大了，跨越长江北岸，自舒州至蕲州，直联中原腹地，方圆数百里。而地位升高、职权扩大的岳飞从杭州返回九江的路上却闷闷不乐。对他来说，安定为了攘外，他所念念不忘的是收复失地、灭金虏。途径新淦时，岳飞于萧寺壁奋笔提诗道:

雄气堂堂贯斗牛，誓将直节报君仇。

斩除顽恶还车驾，不问登坛万户侯。

这才是岳飞内心的底蕴。

即使对待洞庭湖杨么领导的农民起义军，岳飞也是采取尽量招安、少流血原则的策略。当时参政席益就对岳飞的做法产生了严重怀疑，并对张浚说:“岳侯得无有他意，故玩此寇？”张浚了解岳飞的用心，故而笑答说:“岳侯忠孝人也，足下何独不知用兵有深机，胡可易测？”这次被俘的农民起义军近二十万人。鲁莽的牛皋主张“略行洗荡，使后人知所怕惧”。岳飞坚决不同意，他说:杨么之徒，本是村民，先被钟相以妖怪诳惑，次又缘程吏部（昌宇）怀鼎江劫虏之辱，不复存恤，须要杀尽，以雪前耻，致养得贼势张大。其实只是苟全性命，聚众逃生。今既诸寨出降，又渠魁杨么已被显诛，其余徒党，并是国家赤子，杀之岂不伤恩，有何利益？况不战屈人之兵，而全军为上，自是兵家所贵。若屠戮斩馘，不是好事。但得大事已了，仰副朝廷好生之意，上宽圣君贤相之忧，则自家门不负重责，于职事亦自无惭也！岳飞说罢，连声喊道:“不得杀！不得杀！” 牛皋心悦诚服。

岳飞挑选了好几万精壮的起义军战士编入军队中，大大增强了部队的战斗力，加强了抗金的力量。十几万老弱，按照他们自己的意愿，“给米粮”，归田就业。