就这样，在维新变法中，出现了一种匪夷所思的现象:在变法的100天中，作为变法的推动者光绪皇帝，和变法骨干康有为、梁启超等，竟然只见过一次面。而谭嗣同等，都没有见过光绪。真搞不清光绪到底在打什么算盘，也许，凭光绪的直觉，他觉得康有为是一个难当大任之人？或许，光绪根本就没有考虑该怎样去扭转乾坤，以为一切事易如反掌？于是，100天的变法中，就形成这样一种局面，所有的主意都由光绪皇帝做主，而光绪皇帝明显表现出经验不足，时而独断专行，时而当断不断，弄得下面无所适从。一种幼稚的政治谋略和手腕，不仅推进不了变法和维新，同时，也激化了矛盾，引起了朝廷大臣的普遍不满。

光绪皇帝召见康有为后不久，慈禧有一天召见了李鸿章，慈禧是在替光绪担心，毕竟，最熟悉光绪的，就是慈禧了。闲谈之际，慈禧问李鸿章那个叫康有为的人到底怎么样，李鸿章将康有为描绘成一个幼稚而浮躁的书生:“这个人是个书生，也如市井中喜欢争强好胜打官司的人。”慈禧继续着她的不解:“那么，洋人为什么支持他们呢？”李鸿章没好气地说:“那是洋人们不了解中国国情，把中国的知识分子都当成他们的知识分子了。等洋人们了解了中国的文人们都是些什么角色之后，别说支持，就是躲避，怕也来不及了。”李鸿章这一番话是有潜台词的，也是有体会的。李鸿章是太熟悉中国旧式知识分子了，熟悉他们的思维方式和能力，在李鸿章看来，康有为、梁启超同样是书生，只是空谈和满腔热血，没有政治谋略和经验，也缺乏起码的政治手腕和妥协精神。而依靠着他们进行改革，肯定是绝难成功的。

李鸿章对于变法的不看好，还在于他深深了解光绪这个人。只不过李鸿章对于皇上不好直接评价罢了。李鸿章深知，在帝制传统的国度中，帝王本身的素质对于国家的前途太重要。甚至可以说，国家命脉，系于一人之身。在这样的体制中，最高权力才是撬动社会前行的唯一杠杆。被寄予厚望的光绪是一个什么样的人呢？他迂腐而懦弱，意志薄弱，神经过敏，他的人品、才干、意志力等，都谈不上能担当大任，更谈不上扭转乾坤。对这一点，洞察人情的李鸿章岂能不明白呢？

变法期间，有人曾对李鸿章建言道:“现在太后与皇上意见不合，您是国家重臣，应该出来调和调和才是。”李鸿章叹了一口气说:“你们小孩子懂得什么？”李鸿章实在是不想趟这一摊浑水，他只想远远地站在一边看看。李鸿章当然希望暮气沉沉的局面有所改善，也希望那些腐朽的观念和人物在暴风雨中得到濯洗，有时候，李鸿章甚至愿意一场突如其来的暴风雨，将这个腐朽的朝廷冲得一干二净，一了百了。当然，这样的想法，是李鸿章赌气时候的观点。在绝大多数情况下，李鸿章还是千方百计地想着补救的，在李鸿章看来，濯洗更重要的是方式，没有方式，再好的动机，只会是一厢情愿。随着年岁的与日俱增，对于口号和主张，李鸿章已提不起大的兴趣了。实际上在李鸿章与康有为之间，有关维新的想法和主张是有很多相同点的，无论是光绪倡导的“中体西用”，还是康有为的“尊君权”，都与李鸿章的主张一致或相近。只不过，李鸿章从来不以这样的过激而高调的方式来进行操作，也不想大张旗鼓地提出口号。在更多时候，李鸿章一直放低自己的姿态，以一种忍辱和妥协的方式，像一个农夫一样，寻求着在岁月中一点一点地改变。

从变法的第一天起，李鸿章就对光绪以及康梁的能力和方式持怀疑态度。维新变法的那段时间里，老谋深算的李鸿章一直躲在贤良寺中。

1898年9月，光绪的一个雷霆动作引发了轩然大波。

9月初，礼部一个与康有为关系密切的六品主事王照看到皇帝与太后关系微妙，大胆上了一个奏折，建议光绪母子二人出访外国，并以日本为出访的第一站。礼部尚书怀塔布认为奏折太出格，便将奏折扣下。光绪知道这件事后，大发雷霆，认为礼部尚书无端阻挠言路，将礼部尚书怀塔布、许应与另外四个侍郎一同革职，让王照连升三级，官至三品，以示激励。紧接着，光绪又下了一道更令人惊骇的圣旨:任命四位新军机章京，他们是:内阁候补侍读杨锐、刑部候补主事刘光第、内阁候补中书林旭和江苏候补知府谭嗣同。明确规定:所有奏章，由4人圈阅；所有上谕，均由4人拟定。原来的王公大臣和军机处之军机大臣，被搁置一边。这样处理问题的方式虽然表示了光绪帝的变法决心，但明显暴露出光绪在处理事务上的草率和鲁莽。毕竟，名不正而言不顺，以区区四品，怎么指挥那些一品二品大臣呢？朝廷老臣顿时不满，他们纷纷跑到颐和园向太后哭诉。

没过几天，事情轮到在家赋闲的李鸿章了，光绪突然下诏:罢免李鸿章总署大臣之职，令其勿在总理衙门行走。

接到圣旨的李鸿章不由得啼笑皆非，此时，李鸿章已基本赋闲在家了。

在此之后的局面更不可收拾了。大约是光绪自感压力很大，维新政策推不动，整日在宫中大发雷霆，弄得手下大臣和太监惶惶不可终日。朝廷老臣们不敢怪罪于光绪皇帝，于是，便迁怒于那些变法的维新党人。时间到了9月下旬，北京的政局变得更加微妙了。慈禧凭着丰富的政治经验，感到维新局面的渐渐失控，感到了威胁的阴影。而这时候，光绪方寸大乱，不知要做些什么，并且，一意孤行听不得别人的意见。更让人觉得鬼使神差的，可能是光绪预先知道危险信号了，他突然下旨，让康有为离开京城。到了下旬，一件事情让颐和园的慈禧觉得非常震惊——日本前首相伊藤博文访华，光绪安排20日在宫中接见他，外界传闻光绪拟聘伊藤博文为清国维新顾问；同时拟邀担任清国顾问的，还有美国人李提摩太。这样的说法让慈禧很生气，毕竟，伊藤和日本是清国的仇人，旧恨未消，皇上却私下有这样的打算，实在有伤体统！慈禧一直是一个爱面子的人，在她看来，面子是做人最根本的，更让慈禧感到危险的是，有人报告，光绪召见了驻扎在天津小站的新军首领袁世凯！

9月20日这一天在一种微妙无比的气氛中度过:早晨，光绪在宫中第三次召见袁世凯；上午，康有为离开了生活数年的南海会馆，悄然“奉旨出京”；中午，袁世凯乘火车回到天津；下午，光绪接见了伊藤博文，会见的同时，慈禧在屏风那边聆听。21日，慈禧宣布重新训政，下令捉拿“结党营私、莠言乱政”的康有为、康广仁兄弟。24日，朝廷宣布将张荫桓、徐致靖、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第革职治罪。26日，上谕派御前大臣会同军机大臣、刑部、都察院审讯此案。28日，军机大臣传谕刑部，将谭嗣同等6人一起绑赴菜市口正法。被杀的6人，史称“戊戌六君子”。