前“总统府侍卫长”、现任“后备司令”余连发也卷入炒股事件，交易金额高达上千万元新台币。国民党“立委”痛批：“总统府”已成为“黑金炒股中心”。

台湾肥料公司人事案

前台湾肥料公司总经理黄清晏因被别人抓住不利证据本来该被撤换，但黄清晏找了台肥监察人、并任“第一家庭律师”的林志豪“帮忙”。林志豪担任台湾肥料公司监察人，却包揽台肥诉讼工作，甚至狮子大开口要求490万元新台币服务报酬。得到好处后，林志豪去找吴淑珍求援，吴淑珍随即要求陈水扁办公室“副秘书长”马永成打电话给当时的“行政院秘书长”卓荣泰“处理”，时任“行政院长”的谢长廷则要求暂缓发公文。“台肥人事”本来2005年11月1日生效，后居然在10月31日变卦。遭撤换的台湾肥料公司前董事长范振宗在岛外接受台湾TVBS采访时再度爆料说，自己确实掌握许多对原台肥总经理黄清晏不利的证据，但是对方以前却能稳坐总经理的位置，是因为黄清晏有一个比陈水扁还大的靠山。台湾民意代表邱毅证实，去年10月底，当时的台肥总经理黄清晏本来就要被换掉，是背后的“有力人士”把他救了，这“有力人士”比“总统”还大。

二次金改案

陈水扁上台执政后，将金融领域里的改革作为经济改革的重点，曾先后两次提出金融改革方案。第一次金融改革的方案为：在二年内将金融机构坏账比率降到5%以下，银行资本充足率提高到8%以上。第二次金融改革方案为：在2005年底实现公营金融机构的公股减半，2006年底实现金融控股公司减半，促成三家金融机构市场占有率在10%以上，金融机构由外资经营或到海外上市等四大目标。

岛内舆论普遍认为，陈水扁的“二次金改”方案，不但政治考量浓厚，而且弊端多。陈水扁“金改”的目的，是要削弱国民党的经济基础与基层势力，清除国民党卷土重来后掌握金融机构的机会，切断未来国民党重新上台后的金脉，并为自己的未来发展建立起更为扎实的政商结盟关系。从业务层面上讲，“二次金改”先是关闭分行申设的管道，以行政手段阻碍新金控成立，又以行政指令限期完成金融整并，无异抬高了并购成本，增加并购的困难度，破坏市场机制。

财产信托漏报案

陈水扁2004年实行财产信托，其夫妇申报财产从1994年他任台北市长前的1000万元新台币，飙涨到2003年底的7000万元新台币，股票市值从最初的55万元增至3亿多元。之后传出其妻在财产信托后又进行股市交易近3000万元，却未办理申报，面对媒体的质询，“总统府”澄清是“会计师疏失”。

“驸马爷”特权案

赵建铭原任台北三峡恩主公医院的医生，2001年与陈水扁之女陈幸妤成婚，3个月后摇身变成台大医院骨科总医师。面对世人的质疑，台大医院出面澄清，声称缩短住院医生升任总医师年限是为利于人事交接，同期擢升共5人，没有所谓“赵建铭条款”。成为陈水扁女婿的赵建铭，在岛内被称为“驸马爷”，由于贪心成性，被称“敢要敢拿敢关说”，戴着“第一家庭”的光环，从官场到商场、从民企到“国”企，充当中介进行游说，因而得到“赵中介”的绰号。其父赵玉柱，其母简水绵，也多次凭“第一亲家”特权换取特殊待遇，强行介入人事安排。2006年，被揭露以六折优惠购买700平方米、原价1.2亿元新台币的“帝宝”豪宅，疑涉利益输送。

奢华婚礼案

2005年台湾风灾、水灾侵袭，恰逢陈水扁之子陈致中与儿媳黄睿靓举办世纪婚宴，装潢奢华，珠宝首饰每件动辄上百万元新台币，被外界质疑作风穷奢极侈。最遭人非议的是，陈水扁还动用自己的专机“空军一号”，带着一家子亲戚、朋友威风八面地飞赴台中媳妇家乡参加婚宴，在台中又出动军警500人进行“安全维护”，以公器、公款造就“王子”的浪漫婚礼。

岛内舆论指出，从这些弊案可以看出，民进党正在非常广泛的领域，进行集团式的、大规模的、系统的官商勾结、利益输送、贪赃自肥。仅用了六年时间，标榜“清流”的民进党绿色政权就“黑”得流油、腐得流脓了。台湾媒体说：“民进党的腐败比无能更让人难以接受”。这真是一语道破了台湾人民的失望。