六年前，陈水扁在参选时，喊出“干干净净、打击黑金”的口号。这在岛内确实迷惑了不少人。六年过去了，台湾当局的贪腐形象对其“清廉”、“进步”的自我标榜形成强烈的讽刺。

政治献金案

2004年2月2日，台湾东帝士集团董事长陈由豪向“立法院”传真信函指称，陈水扁曾在2000年“大选”时收受政治献金，并称陈水扁从当市“议员”起到选“总统”，他都曾提供财务捐献。陈由豪明指，1998年陈水扁选台北市长和2000年大选时，“有时透过阿扁亲信，有时亲赴扁府，以现金方式献上政治献金，所有政治献金均无收条”。信中除了已经爆出的5笔总计1460万元新台币的政治献金外，又提出1997年给民进党党部600万元的政治献金。

高雄捷运工程弊案

高雄捷运工程于2001年1月12日签约,同年10月30日开工，预定在2006年正式通车。开工以来，高雄捷运工程就频繁发生事故，而有关高雄捷运公司涉嫌非法向民进党当局提供政治献金的事件也时常被台湾媒体披露。

高雄捷运工程弊案的起因是：2005年8月底，在台湾的数千名泰国劳工不堪工程承包方的不人道待遇及被榨逾6000万元新台币而举行暴动，台湾检调单位介入调查，由此揭出大规模的官商勾结舞弊黑幕。由台湾当局主管的高捷公司将招揽外劳的工作私下非法授受给台湾华磐中介公司，双方疑涉伪造文书、利益输送、收受回扣，以及虐待、剥削泰国劳工，从中牟取每年高达1.5亿元新台币的暴利等行为。经高雄市检调部门调查发现，高捷弊案是民进党上层人物一手操控的官商勾结大案。在这起投资高达1800亿元新台币的工程中，存在大规模政商勾结，谋取私利的不法行为，高雄捷运公司前副董事长陈敏贤名下的基金会，有8000多万元新台币的资金往来异常。

高捷弊案的爆发，使陈水扁当局陷入了空前的执政和信任危机，直接导致了包括台湾行政部门“劳委会主委”陈菊、高雄代理市长陈其迈、“陈水扁政策顾问”陈哲男和陈敏贤，以及高雄市劳工局长方来进等五名高级官员先后辞职。

股市秃鹰案

2004年以来，台湾多种股票遭不法财团与证券公司勾结放空，使台湾的股民遭受严重损失。这些不法分子因投机与贪婪，被台湾股民称为股市“秃鹰”。据台湾民意代表邱毅揭露，早在2002年，就有消息传出一些“股市秃鹰”拿出8000万元新台币作为公关费，利用现为民进党大老吴乃仁同行的前财经记者陈宗基的关系，搭上台湾“总统府”参事陈鸿荣，官商勾结，关系不断升级。前证交所董事、现“金管会主委”龚照胜以及证交所董事长吴乃仁涉嫌接受台湾某在线游戏公司贿赂，一起赴韩国为该公司成功上柜“庆功”并去赌场洗钱。