据台媒报道，金厦大桥兴建影响金门发展，马英九对此倾向支持，不过，“行政院长”吴敦义却直接表明“目前不合时宜”。他说，若兴建，成为台湾和大陆“领土首度接壤”，会引发政治联想。有台湾学者则认为，台湾当局避谈兴建金厦大桥是“视野短，格局小”。

报道称，1日台湾竞争力论坛举办金门国际自由市研讨会，与会的《新新闻》主编吴行健转述，他于11月随吴敦义赴金门视察并进行专访，专访中吴敦义对金门、厦门“两门对开”的金厦大桥兴建，表达了“官方对此有其它的看法，很容易被外界赋予政治上的联想”，因此当前不宜兴建的立场。

台大政治系教授张亚中认为，台湾当局现阶段避谈兴建金厦大桥，凸显“视野短，格局小”。他认为，从地缘政治来看，金门与大陆海西经济区紧密相连，为了推动金门成为在赋税、经济及人员上自主开放的国际自由市，并加强金门与海西经济区的交流互利，兴建金厦大桥势在必行。

吴敦义不支持金厦大桥的兴建，但对另一个马英九的竞选承诺，即连接大金门和小金门的“金烈大桥”，他表示已责成“交通部长”毛治国在2010年之前开始兴建，避免成为只有选举时才被提出的“选举浮桥”。