国民党零八年大选提名人马英九，在台北市长任内涉及的特别费案，负责审理的台北地方法院花了将近四个月的时间，完成一审程序，而每次开庭，辩检双方都火力全开，针对特别费到底是私款还是公款进行激烈攻防，成为全案焦点。

马英九因为使用首长特别费涉嫌贪污，被检方提起公诉近两个月后，全案四月三日进入台北地方法院开始司法审理程序。

法院外，蓝绿阵营爆发推挤冲突，特别费案就在这样混乱的场面下，首度开庭。全案一审共开庭十一次，马英九都亲自到庭应讯，每次都强调自己的清白，而七月三十一日的最终辩论庭，进行了十四个小时，马英九步出法庭时，已经深夜十一点。

整件案子最大的争议，就在于检方认定马英九“明知”特别费属于公款，应当用于公务，但马英九则是自始至终都认为特别费是首长实质津贴，属于私款，马英九表示，检方没有提出证据，证明他明知故犯，同时强调，他没有犯罪意图，更没有犯罪行为，因此不能以贪污的罪名来指控他。

而将近四个月的审理期间，案情出现多项转折，包括：南北检方对特别费认定不一，有检察官认为特别费是首长实质津贴，但起诉马英九的检察官则认定这笔钱是公款。再来就是，部分官方机构对特别费从宽认定，也就是首长支领款项后，官方不会追踪金钱流向，没用完的部分，也不要求当事人一定得缴回，一般认为，这对马英九较为有利。而就在全案一审结束前两周，律师发现当初起诉马英九的检察官，涉嫌制作不实笔录，也质疑对检方证人诱导式讯问，为案情投下变数。

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